PDB-1i3y: SOLUTION STRUCTURE OF THE A LOOP OF 23S RIBOSOMAL RNA.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1i3y

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF THE A LOOP OF 23S RIBOSOMAL RNA.

要素

5'-R(*GP*GP*CP*UP*GP*GP*CP*(OMU)P*GP*UP*UP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*C)-3'

キーワード

RNA / A loop / A site / 23S rRNA

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR

データ登録者

Puglisi, J.D. / Blanchard, S.C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Solution structure of the A loop of 23S ribosomal RNA.
著者: Blanchard, S.C. / Puglisi, J.D.

履歴

登録	2001年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1i3y.cif.gz	248 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1i3y.ent.gz	208.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1i3y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/1i3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/1i3y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1i3xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1z30-d 1axl-d 1k81-d 2jrg-d 1bzu-d 1cvx-d 2m4w-d 1hh3-d 334d-d 1dsa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
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類似性 (1)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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エクスプレソーム (Expressome)
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類似性 (1)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
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テロメラーゼ (Telomerase)
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伸長因子 (Elongation Factors)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-R(*GP*GP*CP*UP*GP*GP*CP*(OMU)P*GP*UP*UP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*C)-3'

6.08 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	21 / 46	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #7

#1: RNA鎖	5'-R(GPGPCPUPGPGPCP(OMU)PGPUPUPCPGPCPCPAPGPCPC)-3' 分子量: 6075.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: U2552-2'-O-METHYL A LOOP RNA

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実験

実験	手法: 溶液NMR

-
試料調製

結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	500	1
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	800	2

-
解析

NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 46 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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