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万見
- PDB-1i3c: RESPONSE REGULATOR FOR CYANOBACTERIAL PHYTOCHROME, RCP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i3c
タイトルRESPONSE REGULATOR FOR CYANOBACTERIAL PHYTOCHROME, RCP1
要素RESPONSE REGULATOR RCP1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Response regulator / Rcp1 / Phytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Response regulator Rcp1
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Im, Y.J. / Rho, S.-H. / Park, C.-M. / Yang, S.-S. / Kang, J.-G. / Lee, J.Y. / Song, P.-S. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of a cyanobacterial phytochrome response regulator.
著者: Im, Y.J. / Rho, S.H. / Park, C.M. / Yang, S.S. / Kang, J.G. / Lee, J.Y. / Song, P.S. / Eom, S.H.
履歴
登録2001年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RESPONSE REGULATOR RCP1
B: RESPONSE REGULATOR RCP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3267
ポリマ－33,8462
非ポリマー4805
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.410, 76.990, 43.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RESPONSE REGULATOR RCP1


分子量: 16922.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: SLR0474 / プラスミド: PTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q55169
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Ammonium Sulfate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
温度: 293-295 K
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
23.1 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B10.9795
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B20.9793
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B30.95
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月15日 / 詳細: Quartz crystal
放射モノクロメーター: Quartz crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97931
30.951
反射解像度: 1.9→14.97 Å / Num. all: 20164 / Num. obs: 83143 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 10.1 Å2 / Limit h max: 20 / Limit h min: -21 / Limit k max: 40 / Limit k min: -21 / Limit l max: 22 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 892718.68 / Observed criterion F min: 7.4 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / % possible all: 98.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 20025 / Num. measured all: 83143
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→14.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1987 9.9 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.19 20453 --
obs0.19 20149 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 42.347 Å2 / ksol: 0.391785 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 56.2 Å2 / Biso mean: 14.51 Å2 / Biso min: 1.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20.41 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----0.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.08 Å
Luzzati d res high-1.9
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→14.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2256 0 25 269 2550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg22.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.9
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9-1.990.2192399.40.22122270.0142543246697
1.99-2.090.1832389.40.18422470.0122542248597.8
2.09-2.220.18326610.40.18322320.0112554249897.8
2.22-2.390.1825910.10.17922650.0112560252498.6
2.39-2.630.1882359.20.18822720.0122541250798.6
2.63-3.010.2042449.50.20422920.0132571253698.6
3.01-3.780.1862379.30.18523050.0122557254299.4
3.78-14.970.17726910.30.17823220.0112605259199.4
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor obs: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 14.5 Å2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.219 / % reflection Rfree: 9.4 % / Rfactor Rwork: 0.221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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