[日本語] English
万見
- PDB-1i3a: RNASE HII FROM ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS WITH COBALT HEXAMMINE CHLORIDE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i3a
タイトルRNASE HII FROM ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS WITH COBALT HEXAMMINE CHLORIDE
要素RIBONUCLEASE HII
キーワードHYDROLASE / mixed beta sheet / helix-loop-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / mismatch repair / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / manganese ion binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease HII, archaea / Ribonuclease hii. Domain 2 / Ribonuclease HII, helix-loop-helix cap domain superfamily / Ribonuclease H2, subunit A / Ribonuclease HII/HIII / Ribonuclease HII/HIII domain / Ribonuclease HII / Ribonuclease (RNase) H type-2 domain profile. / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Ribonuclease HII, archaea / Ribonuclease hii. Domain 2 / Ribonuclease HII, helix-loop-helix cap domain superfamily / Ribonuclease H2, subunit A / Ribonuclease HII/HIII / Ribonuclease HII/HIII domain / Ribonuclease HII / Ribonuclease (RNase) H type-2 domain profile. / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT HEXAMMINE(III) / Ribonuclease HII
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Chapados, B.R. / Chai, Q. / Hosfield, D.J. / Qiu, J. / Shen, B. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural biochemistry of a type 2 RNase H: RNA primer recognition and removal during DNA replication.
著者: Chapados, B.R. / Chai, Q. / Hosfield, D.J. / Qiu, J. / Shen, B. / Tainer, J.A.
履歴
登録2001年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE HII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5542
ポリマ－25,3931
非ポリマー1611
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.555, 74.555, 139.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-351-

HOH

詳細The biologically relevent molecule is a monomer in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE HII / RNASE H11


分子量: 25393.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: RNHB / プラスミド: PET28B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O29634, ribonuclease H
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% MPEG 5000, 10% butanol, 20 mM sodium citrate, 100 mM Tris pH 8.5, (soak: 10mM Co(III)(NH2)6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
詳細: drop consists of equal amounts of protein and precipitant solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
140 mg/mlprotein1drop
210 %mPEG50001reservoirprecipitant
310 %butanol1reservoirprecipitant
420 mMsodium citrate1reservoirprecipitant
5100 mMTris-HCl1reservoirprecipitant

-
データ収集

回折平均測定温度: 94 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.863 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月17日
放射モノクロメーター: NULL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→35 Å / Num. all: 13210 / Num. obs: 13210 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / % possible all: 93.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 82747
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ARNASE HII refined model (rcsb012848)

解像度: 2.15→19.75 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: NULL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 630 5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.223 13141 --
obs0.223 12057 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1581 0 7 119 1707
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る