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- PDB-1i36: Structure of Conserved Protein MTH1747 of Unknown Function Reveal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i36
タイトルStructure of Conserved Protein MTH1747 of Unknown Function Reveals Structural Similarity with 3-Hydroxyacid Dehydrogenases
要素CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1747
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NADP binding domain / protein NADP complex / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding, putative, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1932) / : / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding, putative, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1932) / : / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Conserved protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Korolev, S.V. / Dementieva, I.S. / Christendat, D. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: STRUCTURAL SIMILARITIES OF MTH1747 HYPOTHETICAL PROTEIN FROM METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM WITH 3-HYDROXYACID DEHYDROGENASES
著者: Korolev, S.V. / Dementieva, I.S. / Christendat, D. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2001年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1747
B: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1747
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5254
ポリマ－58,0392
非ポリマー1,4872
水7,584421
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area22310 Å2
手法PISA
2
A: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1747
B: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1747
ヘテロ分子

A: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1747
B: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1747
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,0518
ポリマ－116,0774
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area15300 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area43070 Å2
手法PISA
3
A: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1747
B: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1747
ヘテロ分子

A: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1747
B: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1747
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,0518
ポリマ－116,0774
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
Buried area14820 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area43550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.870, 123.457, 133.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1747


分子量: 29019.299 Da / 分子数: 2 / 変異: M1L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: MTH1747 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27779
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, sodium acetate, mes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97921,0.97935,1.016273
シンクロトロンAPS 19-ID20.99187
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD1999年9月21日
CUSTOM-MADE2CCD2000年5月25日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979211
20.979351
31.0162731
40.991871
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 53318 / Num. obs: 52782 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
Oモデル構築
CNS0.9精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→23.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 398286.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 2585 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 51168 95.9 %-
all-53318 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.5 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.92 Å20 Å20 Å2
2--1.58 Å20 Å2
3----7.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-25 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3926 0 96 421 4443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.72
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.861.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.522.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 280 5.6 %
Rwork0.237 4686 -
obs--94.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2NAP_xplor_par.txtNAP_XPLOR_TOP.txt
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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