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- PDB-1i2w: BETA-LACTAMASE FROM BACILLUS LICHENIFORMIS BS3 COMPLEXED WITH CEF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i2w
タイトルBETA-LACTAMASE FROM BACILLUS LICHENIFORMIS BS3 COMPLEXED WITH CEFOXITIN
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / serine beta-lactamase / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Beta-lactamase / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1QL / CARBAMIC ACID / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fonze, E. / Vanhove, M. / Dive, G. / Sauvage, E. / Frere, J.M. / Charlier, P.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of the Bacillus licheniformis BS3 class A beta-lactamase and of the acyl-enzyme adduct formed with cefoxitin
著者: Fonze, E. / Vanhove, M. / Dive, G. / Sauvage, E. / Frere, J.M. / Charlier, P.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1997
タイトル: Unexpected influence of a C-terminal-fused His-tag on the processing of an enzyme and on the kinetic and folding parameters
著者: Ledent, P. / Duez, C. / Vanhove, M. / Lejeune, A. / Fonze, E. / Charlier, P. / Rhazi-Filali, F. / Thamm, I. / Guillaume, G. / Samyn, B. / Devreese, B. / Van Beeumen, J. / Lamotte-Brasseur, J. / Frere, J.M.
履歴
登録2001年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 2.02018年9月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4925
ポリマ－62,5722
非ポリマー9203
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.344, 106.372, 63.873
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE


分子量: 31286.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
プラスミド: P-ET-22(B)KR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P00808, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-1QL / (2R)-5-[(carbamoyloxy)methyl]-2-{(1S)-1-methoxy-2-oxo-1-[(thiophen-2-ylacetyl)amino]ethyl}-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / Cefoxitin, bound form


分子量: 429.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19N3O7S2
#3: 化合物 ChemComp-OUT / CARBAMIC ACID


分子量: 61.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 6000, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
225 %PEG60001reservoir
3100 mMsodium acetate1reservoirpH5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: D41A / 波長: 1.375 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.375 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.654→22.029 Å / Num. all: 68766 / Num. obs: 68766 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.654→1.7 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / % possible all: 75.2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 22.03 Å / Num. measured all: 143995 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 1.97 Å / % possible obs: 87.1 % / Num. unique obs: 26718 / Num. measured obs: 54861 / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR(ONLINE) 3.851精密化
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALAデータスケーリング
Agrovataデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3240 5.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 63397 92.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3999 0 52 129 4180
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.761.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.752
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.592
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.822.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.438 307 5.2 %
Rwork0.44 5584 -
obs--86.7 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.96
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.761.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.592
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.752
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.822.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.438 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor Rwork: 0.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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