PDB-1i2m: RAN-RCC1-SO4 COMPLEX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1i2m

タイトル

RAN-RCC1-SO4 COMPLEX

要素

GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN
REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION 1

キーワード

CELL CYCLE / beta-propeller / G fold or GTPase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / sulfate binding / mitotic nuclear membrane reassembly / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / importin-alpha family protein binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA ...pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / sulfate binding / mitotic nuclear membrane reassembly / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / importin-alpha family protein binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / regulation of mitotic spindle assembly / protein localization to nucleolus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nucleosomal DNA binding / DNA metabolic process / regulation of mitotic nuclear division / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / spermatid development / viral process / positive regulation of protein binding / sperm flagellum / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / nucleosome binding / spindle assembly / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / protein export from nucleus / regulation of mitotic cell cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / condensed nuclear chromosome / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / chromosome segregation / Transcriptional regulation by small RNAs / G1/S transition of mitotic cell cycle / recycling endosome / positive regulation of protein import into nucleus / small GTPase binding / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / nuclear envelope / mitotic cell cycle / chromosome / G protein activity / actin cytoskeleton organization / midbody / histone binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Renault, L. / Kuhlmann, J. / Henkel, A. / Wittinghofer, A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Structural basis for guanine nucleotide exchange on Ran by the regulator of chromosome condensation (RCC1).
著者: Renault, L. / Kuhlmann, J. / Henkel, A. / Wittinghofer, A.

履歴

登録	2001年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2018年2月14日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1i2m.cif.gz	233.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1i2m.ent.gz	183.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1i2m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1i2m_validation.pdf.gz	474.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1i2m_full_validation.pdf.gz	498.8 KB	表示
XML形式データ	1i2m_validation.xml.gz	45.6 KB	表示
CIF形式データ	1i2m_validation.cif.gz	64.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/1i2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/1i2m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1a12S 1byu 1rrp S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6e61-2 3di4-d 6dmf-9 6dmf-5 5wcz-2 5m6b-1 5ywt-d 5m6b-2 6dmf-8 4h8h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (11) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (5) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (11)
#85 - 2007年1月
インポーチン (Importins)
類似性 (5)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (2)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN

B: REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION 1

C: GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN

D: REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION 1

ヘテロ分子

135 kDa, 4 ポリマー
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1

A: GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN

B: REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN

D: REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.334, 71.447, 77.729
Angle α, β, γ (deg.)	100.92, 92.05, 104.47
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN / RAN 分子量: 24456.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質	REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION 1 / RCC1 分子量: 42917.402 Da / 分子数: 2 Fragment: PROTEIN TRUNCATED FROM THE N-TERMINAL RESIDUES 1 TO 19 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PTAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600K / 参照: UniProt: P18754
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.37 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20-10% PEG 4000, 200 mM potassium fluoride, 25 mM potassium phosphate, 25 mM ammonium sulfate, 2 mM EDTA, 3mM DTE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	20 %	PEG3350	1	reservoir
2	200 mM	KF	1	reservoir

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	BM30A	1	0.9801
シンクロトロン	ESRF	ID2	2	0.9903

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARRESEARCH	1	IMAGE PLATE	1999年6月26日	mirrors
MARRESEARCH	2	IMAGE PLATE	1999年7月14日	mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 and 311 single crystals	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9801	1
2	0.9903	1

反射

解像度: 1.63→19.79 Å / Num. all: 123475 / Num. obs: 484600 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.7 Å² / Limit h max: 30 / Limit h min: -30 / Limit k max: 42 / Limit k min: -30 / Limit l max: 47 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 156076284.73 / Observed criterion F min: 1060.6 / R_merge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 56.1

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 56.1 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A12 (RCC1) and human Ran-GDP-Mg2+ structure (Scheffzek, K. et al. (1995))

1a12

解像度: 1.76→19.79 Å / R_factor R_free error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	8466	8.3 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
all	-	101671	-	-
obs	-	101433	99.8 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / B_sol: 53.116 Å² / k_sol: 0.375011 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.12 Å² / B_iso mean: 35.55 Å² / B_iso min: 13.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.55 Å²	1.41 Å²	0.77 Å²
2-	-	-3.2 Å²	-0.23 Å²
3-	-	-	4.75 Å²

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	Treatment
polymer	X-RAY DIFFRACTION	isotropic
water	X-RAY DIFFRACTION	isotropic
nonpolymer	X-RAY DIFFRACTION	isotropic

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.24 Å	0.2 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.23 Å	0.21 Å
Luzzati d res high	-	1.76

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→19.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8499	0	10	475	8984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_deg	25.6
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_impr_deg	0.73
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it	3.08	1.5
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it	5.02	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it	4.76	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it	7.82	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor R_free error	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.76-1.79	0.3314	417	8.4	0.3043	4487	0.015	5120	5063	98.9
1.79-1.82	0.3055	439	8.6	0.2931	4651	0.014	5092	5047	99.1
1.82-1.86	0.2891	449	8.8	0.2684	4656	0.013	5166	5132	99.3
1.86-1.89	0.2798	439	8.5	0.2448	4612	0.012	5055	5022	99.3
1.89-1.94	0.2623	437	8.5	0.2288	4707	0.011	5176	5140	99.3
1.94-1.98	0.2521	404	8.1	0.2171	4665	0.011	5076	5059	99.6
1.98-2.03	0.2654	445	8.6	0.2421	4609	0.012	5098	5064	99.3
2.03-2.09	0.2386	398	7.7	0.2101	4694	0.011	5093	5076	99.7
2.09-2.15	0.2443	414	8.1	0.2	4640	0.01	5065	5040	99.5
2.15-2.22	0.2238	426	8.3	0.1921	4696	0.009	5139	5120	99.6
2.22-2.29	0.2341	423	8.3	0.2002	4694	0.01	5120	5110	99.8
2.29-2.39	0.2783	409	7.9	0.2116	4678	0.011	5092	5081	99.8
2.39-2.49	0.2501	400	7.9	0.2035	4683	0.01	5088	5076	99.8
2.49-2.63	0.2178	422	8.3	0.1915	4645	0.009	5070	5060	99.8
2.63-2.79	0.2254	417	8.1	0.1838	4673	0.009	5094	5088	99.9
2.79-3.01	0.2262	429	8.5	0.1894	4646	0.009	5063	5057	99.9
3.01-3.31	0.2073	426	8.4	0.1785	4652	0.009	5090	5078	99.8
3.31-3.78	0.1971	446	8.7	0.1699	4632	0.008	5084	5055	99.4
3.78-4.75	0.175	435	8.5	0.1529	4608	0.007	5091	5045	99.1
4.75-19.8	0.221	391	7.7	0.1944	4639	0.01	5084	5020	98.7

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	ion.top

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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