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- PDB-1i2k: AMINODEOXYCHORISMATE LYASE FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i2k
タイトルAMINODEOXYCHORISMATE LYASE FROM ESCHERICHIA COLI
要素4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE
キーワードLYASE / PYRIDOXAL PHOSPHATE / AMINODEOXYCHORISMATE / PABC
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxychorismate lyase / 4-amino-4-deoxychorismate lyase activity / para-aminobenzoic acid biosynthetic process / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminodeoxychorismate lyase, class IV / : / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal ...Aminodeoxychorismate lyase, class IV / : / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aminodeoxychorismate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Jensen, P.Y. / Parsons, J.F. / Fisher, K.E. / Pachikara, A.S. / Tordova, M. / Howard, A.J. / Eisenstein, E. / Ladner, J.E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and Mechanism of Escherichia coli Aminodeoxychorismate Lyase
著者: Jensen, P.Y. / Parsons, J.F. / Fisher, K.E. / Pachikara, A.S. / Tordova, M. / Howard, A.J. / Eisenstein, E. / Ladner, J.E.
履歴
登録2001年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9922
ポリマ－29,7451
非ポリマー2471
水3,819212
1
A: 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE
ヘテロ分子

A: 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9844
ポリマ－59,4902
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21050 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)40.047, 72.966, 82.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-519-

HOH

詳細The second chain in the dimer is generated by the crystal two fold: Use the symmetry -x,-y,z and add one cell in X

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要素

#1: タンパク質 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE


分子量: 29745.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PABC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28305, 付加脱離酵素（リアーゼ）
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
解説: THE WATER MOLECULES HAVE BEEN ORDERED SO THAT THE FIRST 177 FORM THE FIRST HYDRATION SPHERE, THE NEXT 30 BELONG TO THE SECOND HYDRATION SHPERE AND THE FINAL 5 BELONG TO THE THIRD HYDRATION SHPERE.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 4000, 0.2M magnesium acetate, 0.1M HEPES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→36 Å / Num. obs: 21637 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 88.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.79→10 Å / Num. parameters: 9409 / Num. restraintsaints: 8766 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 115 5 %RANDOM
Rwork0.1641 ---
all0.163 21637 --
obs0.164 -93.1 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 12 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2305.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2079 0 15 212 2306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0271
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.045
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.079
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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