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- PDB-1i1j: STRUCTURE OF MELANOMA INHIBITORY ACTIVITY PROTEIN: A MEMBER OF A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i1j
タイトルSTRUCTURE OF MELANOMA INHIBITORY ACTIVITY PROTEIN: A MEMBER OF A NEW FAMILY OF SECRETED PROTEINS
要素MELANOMA DERIVED GROWTH REGULATORY PROTEIN
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / SH3 subdomain / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular matrix organization / growth factor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Melanoma-derived growth regulatory protein / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Melanoma-derived growth regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Lougheed, J.C. / Holton, J.M. / Alber, T. / Bazan, J.F. / Handel, T.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Structure of melanoma inhibitory activity protein, a member of a recently identified family of secreted proteins.
著者: Lougheed, J.C. / Holton, J.M. / Alber, T. / Bazan, J.F. / Handel, T.M.
履歴
登録2001年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MELANOMA DERIVED GROWTH REGULATORY PROTEIN
B: MELANOMA DERIVED GROWTH REGULATORY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5162
ポリマ－24,5162
非ポリマー00
水3,819212
1
A: MELANOMA DERIVED GROWTH REGULATORY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2581
ポリマ－12,2581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MELANOMA DERIVED GROWTH REGULATORY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2581
ポリマ－12,2581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.534, 48.396, 87.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MELANOMA DERIVED GROWTH REGULATORY PROTEIN / MELANOMA INHIBITORY ACTIVITY


分子量: 12258.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16674
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: PEG 8000, Tris, sodium chloride, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 4.55
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16.5 mg/mlprotein1drop
210 mMacetate1drop
30.02 %azide1drop
4100 mMTris1reservoir
58 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.210.9791, 0.9794, 1.0332
シンクロトロンSSRL BL9-221
シンクロトロンALS 5.0.231
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年2月26日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年2月26日
ADSC QUANTUM 43CCD2000年1月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 FlatMADMx-ray1
2Si 111 FlatSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Si 111 FlatSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97941
31.03321
411
反射解像度: 1.39→43.85 Å / Num. all: 47146 / Num. obs: 47146 / % possible obs: 97.76 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 18.141 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.39→1.47 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 15627 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 91.5
反射
*PLUS
% possible obs: 99.44 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.39→43.85 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 1991
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2019 -RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.2087 47146 --
obs0.2087 47146 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→43.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1654 0 0 212 1866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): -3
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23.35 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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