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- PDB-1i1h: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PRECORRIN-8X METHYLMUTASE COMPLEX W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i1h
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PRECORRIN-8X METHYLMUTASE COMPLEX WITH HYDROGENOBYRINIC ACID
要素PRECORRIN-8X METHYLMUTASE
キーワードISOMERASE / Precorrin / Vitamin B12
機能・相同性
機能・相同性情報


precorrin-8X methylmutase / precorrin-8X methylmutase activity / cobalamin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Cobalamin biosynthesis CobH/CbiC, precorrin-8X methylmutase / Cobalamin biosynthesis precorrin-8X methylmutase CobH/CbiC / Precorrin-8X methylmutase CobH/CbiC superfamily / Precorrin-8X methylmutase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROGENOBYRINIC ACID / Precorrin-8X methylmutase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Shipman, L.W. / Li, D. / Roessner, C.A. / Scott, A.I. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of precorrin-8x methyl mutase.
著者: Shipman, L.W. / Li, D. / Roessner, C.A. / Scott, A.I. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2001年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRECORRIN-8X METHYLMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0982
ポリマ－23,2181
非ポリマー8811
水2,108117
1
A: PRECORRIN-8X METHYLMUTASE
ヘテロ分子

A: PRECORRIN-8X METHYLMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1974
ポリマ－46,4352
非ポリマー1,7622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)90.100, 36.600, 60.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the functional dimer is generated by the crystallographic two-fold axis: -x, y, -z

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要素

#1: タンパク質 PRECORRIN-8X METHYLMUTASE / COBH


分子量: 23217.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas denitrificans (バクテリア)
遺伝子: COBH / プラスミド: PLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(21)DE3 / 参照: UniProt: P21638, precorrin-8X methylmutase
#2: 化合物 ChemComp-COJ / HYDROGENOBYRINIC ACID


分子量: 880.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H60N4O14
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, Magnesium Chloride, Tris-HCl, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299.0K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 37 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
225-32.5 %PEG40001reservoir
30.2 M1reservoirMgCl2
40.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月20日 / 詳細: osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 17886 / Num. obs: 5501 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.8 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / % possible all: 94.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 30 Å / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Num. measured all: 17886
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.218 438 RANDOM
Rwork0.227 --
all0.227 4076 -
obs0.227 3638 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1540 0 63 117 1720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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