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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i13 | ||||||
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タイトル | ANALYSIS OF AN INVARIANT ASPARTIC ACID IN HPRTS-ALANINE MUTANT | ||||||
要素 | HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / NUCLEOTIDE METABOLISM / PURINE SALVAGE / TERNARY COMPLEX / CATALYTIC BASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Canyuk, B. / Focia, P.J. / Eakin, A.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: The role for an invariant aspartic acid in hypoxanthine phosphoribosyltransferases is examined using saturation mutagenesis, functional analysis, and X-ray crystallography. 著者: Canyuk, B. / Focia, P.J. / Eakin, A.E. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Approaching the Transition State in the Crystal Structure of a Phosphoribosyltransferase 著者: Focia, P.J. / Craig, S.P. / Eakin, A.E. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THIS HPRT WAS CLONED FROM A DIFFERENT STRAIN OF TRYPANOSOMA CRUZI AND VARIES FROM A ...SEQUENCE THIS HPRT WAS CLONED FROM A DIFFERENT STRAIN OF TRYPANOSOMA CRUZI AND VARIES FROM A PREVIOUSLY REPORTED SEQUENCE AT LYS 23, CYS 66 AND LEU 86. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i13.cif.gz | 93.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i13.ent.gz | 70.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i13.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i13_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1i13_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1i13_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i13_validation.cif.gz | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/1i13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/1i13 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 25480.316 Da / 分子数: 2 / 変異: M23K, S66C, V86L, D115A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q27796, UniProt: Q4DRC4*PLUS, hypoxanthine phosphoribosyltransferase #4: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 185分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-FMT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.06 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 6000, Sodium acetate, ammonium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月21日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→30 Å / Num. obs: 36405 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 92.5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 33269 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.84 Å / 最低解像度: 1.89 Å / % possible obs: 93.7 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1tc2 with ligands, water molecules and loop II removed 解像度: 1.84→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: PATCH STATEMENTS WERE USED FOR CIS PEPTIDES AND METAL-OXYGEN BONDS
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / Total num. of bins used: 15
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.25 / Rfactor obs: 0.192 | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.271 |