ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SOLVE | | 位相決定 | CNS | 1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→24.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2235690.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.221 | 2955 | 1.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.21 | - | - | - |
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obs | 0.21 | 163383 | 94.3 % | - |
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all | - | 163383 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.56 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.1 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.63 Å2 | 0 Å2 | -1.72 Å2 |
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2- | - | 3.62 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -1.99 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.17 Å | 0.16 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.16 Å | 0.15 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→24.86 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4999 | 0 | 214 | 629 | 5842 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.018 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.18 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.19 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.8 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.08 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.01 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.299 | 453 | 1.7 % |
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Rwork | 0.288 | 25603 | - |
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obs | - | - | 90.9 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMLIGAND.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | LIGAND.PARAMWATER.TOP | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 1.8 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.21 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 18.1 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg23.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.18 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.299 / % reflection Rfree: 1.7 % / Rfactor Rwork: 0.288 |
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