PDB-1i02: NMR STRUCTURE OF CTX A3 AT NEUTRAL PH (20 STRUCTURES)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1i02

タイトル

NMR STRUCTURE OF CTX A3 AT NEUTRAL PH (20 STRUCTURES)

要素

CARDIOTOXIN-3

キーワード

TOXIN / Cardiotoxin / CTX / cytotoxin / hemolysis / membrane binding protein / GAG binding protein / bound water / three-finger type

機能・相同性

機能・相同性情報

other organism cell membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Naja atra (タイワンコブラ)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

データ登録者

Sue, S.-C. / Harold, J. / Wu, W.-g.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Dynamic characterization of the water binding loop in the P-type cardiotoxin: implication for the role of the bound water molecule.
著者: Sue, S.C. / Jarrell, H.C. / Brisson, J.R. / Wu, W.G.

履歴

登録	2001年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2001年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1i02.cif.gz	414.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1i02.ent.gz	359.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1i02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1i02_validation.pdf.gz	351.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1i02_full_validation.pdf.gz	534.2 KB	表示
XML形式データ	1i02_validation.xml.gz	36.8 KB	表示
CIF形式データ	1i02_validation.cif.gz	56.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/1i02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/1i02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cb9 1cdt 1kxi 1tgx 2cdx 2crt
類似構造データ	1kbt-d 5npn-d 5t8a-d 2cdx-d 2kyp-d 3plc-3 5xok-d 1ug4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: CARDIOTOXIN-3

6.76 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	The submitted structures are the 20 structures with the lowest energy.
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	CARDIOTOXIN-3 分子量: 6758.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja atra (タイワンコブラ) / 参照: UniProt: P60301
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
2	2	1	2D NOESY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	2	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	5mM Cardiotoxin A3; 10mM phosphate buffer	90% H2O/10% D2O
2	5 mM Cardiotoxin A3; 10mM phosphate buffer	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	6	1 atm	300 K
2	6	1 atm	283 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.1		collection
XwinNMR	2.1		データ解析
X-PLOR	3.1	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.1	Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The NMR structures are based on a total of 680 NOE restraints, 40 dihedral angle restraints, 19 distance restraints from hydrogen bonds and 4 disulfide bond linkages.

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: The submitted structures are the 20 structures with the lowest energy.
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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