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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hxq | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF NUCLEOTIDYLATED GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.86 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | HEXOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / METALLOENZYME / NUCLEOTIDYLATED HISTIDINE / REACTION INTERMEDIATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-glucose-hexose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose:hexose-1-phosphate uridylyltransferase activity / galactokinase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / ferrous iron binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Wedekind, J.E. / Frey, P.A. / Rayment, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: The structure of nucleotidylated histidine-166 of galactose-1-phosphate uridylyltransferase provides insight into phosphoryl group transfer. 著者: Wedekind, J.E. / Frey, P.A. / Rayment, I. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Three-Dimensional Structure of Galactose-1-Phosphate Uridylyltransferase from Escherichia Coli at 1.8 A Resolution 著者: Wedekind, J.E. / Frey, P.A. / Rayment, I. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Galactose-1-Phosphate Uridylyltransferase from Escherichia Coli, a Zinc and Iron Metalloenzyme 著者: Ruzicka, F.J. / Wedekind, J.E. / Kim, J. / Rayment, I. / Frey, P.A. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Galactose-1-Phosphate Uridylyltransferase from Escherichia Coli 著者: Wedekind, J.E. / Frey, P.A. / Rayment, I. #4: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1987 タイトル: The Nucleotide Sequence of the Gal T Gene of Escherichia Coli 著者: Cornwell, T.L. / Adhya, S.L. / Reznikoff, W.S. / Frey, P.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hxq.cif.gz | 166.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hxq.ent.gz | 129.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hxq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hxq_validation.pdf.gz | 495.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hxq_full_validation.pdf.gz | 509.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hxq_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hxq_validation.cif.gz | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/1hxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/1hxq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.94373, -0.00281, 0.33071), ベクター: 詳細 | THE CRYSTALLOGRAPHICALLY INDEPENDENT UNIT IS ONE DIMER OF CHEMICALLY IDENTICAL SUBUNITS. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39694.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PTZ18ROT / 遺伝子 (発現宿主): GALT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS 参照: UniProt: P09148, UDP-glucose-hexose-1-phosphate uridylyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | GLN 168 MAKES CLOSE CONTACTS TO O2 OF THE U5P PHOSPHORYL GROUP. MUTATION OF THIS RESIDUE TO ARG HAS ...GLN 168 MAKES CLOSE CONTACTS TO O2 OF THE U5P PHOSPHORYL | Has protein modification | Y | 非ポリマーの詳細 | THIS ENTRY REPRESENTS THE STRUCTURE OF GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE IN WHICH NE2 OF ...THIS ENTRY REPRESENTS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.1 詳細: EACH CRYSTAL WAS REACTED WITH SUBSTRATE UDP-GLUCOSE IN A SYNTHETIC MOTHER LIQUOR DEVOID OF LITHIUM SULFATE AT PH 7.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995 / 詳細: SUPPER DOUBLE-FOCUSING MIRRORS WITH NICKEL FOIL |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→65 Å / Num. obs: 70581 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 | *PLUS Num. all: 15045 / Num. measured all: 206202 / Rmerge(I) obs: 0.0625 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.86 Å / % possible obs: 90 % / Num. unique obs: 10989 / Num. measured obs: 19085 / Rmerge(I) obs: 0.165 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.86→65 Å / σ(F): 0 詳細: REGIONS A 36 THROUGH A 44 AND B 31 THROUGH B 43 ARE DISORDERED. NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY CAN BE SEEN FOR THESE REGIONS AT THE RESOLUTION OF THE REFINED MODEL. RESIDUES B 347 AND B 348 ...詳細: REGIONS A 36 THROUGH A 44 AND B 31 THROUGH B 43 ARE DISORDERED. NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY CAN BE SEEN FOR THESE REGIONS AT THE RESOLUTION OF THE REFINED MODEL. RESIDUES B 347 AND B 348 OF SUBUNIT II ARE DISORDERED AS WELL.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: TNT / Bsol: 526 Å2 / ksol: 0.7 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→65 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5-E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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