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万見
- PDB-1hxm: Crystal Structure of a Human Vgamma9/Vdelta2 T Cell Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hxm
タイトルCrystal Structure of a Human Vgamma9/Vdelta2 T Cell Receptor
要素(GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig domain / T cell receptor / TCR / gdTCR
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell receptor complex / gamma-delta T cell activation / transmembrane signaling receptor activity / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...: / : / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / T cell receptor delta constant / T cell receptor gamma constant 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Allison, T.J. / Winter, C.C. / Fournie, J.J. / Bonneville, M. / Garboczi, D.N.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Structure of a human gammadelta T-cell antigen receptor.
著者: Allison, T.J. / Winter, C.C. / Fournie, J.J. / Bonneville, M. / Garboczi, D.N.
#1: ジャーナル: EUR.J.IMMUNOL. / 年: 1993
タイトル: Peripheral selection of antigen receptor junctional features in a major human gamma delta subset
著者: Davodeau, F. / Peyrat, M.A. / Hallet, M.M. / Houde, I. / Vie, H. / Bonneville, M.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Stimulation of human gamma delta T cells by nonpeptidic mycobaterial ligands
著者: Constant, P. / Davodeau, F. / Peyrat, M.A. / Poquet, Y. / Puzo, G. / Bonneville, M. / Fournie, J.J.
履歴
登録2001年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
B: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
C: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
D: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
E: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
F: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
G: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
H: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,77710
ポリマ－211,5858
非ポリマー1922
水97354
1
A: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
B: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8962
ポリマ－52,8962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
2
C: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
D: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9923
ポリマ－52,8962
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area21070 Å2
手法PISA
3
E: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
F: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9923
ポリマ－52,8962
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21190 Å2
手法PISA
4
G: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
H: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8962
ポリマ－52,8962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21030 Å2
手法PISA
5
E: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
F: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
ヘテロ分子

A: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
B: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8885
ポリマ－105,7924
非ポリマー961
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area9700 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area40100 Å2
手法PISA
6
C: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
D: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
ヘテロ分子

G: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR
H: GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8885
ポリマ－105,7924
非ポリマー961
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y+1/2,-z+21
Buried area9540 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area39880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.048, 151.736, 97.873
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8

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要素

#1: タンパク質
GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR / T-CELL RECEPTOR DELTA CHAIN


分子量: 25535.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VD2, DD3, JD1, CD / プラスミド: PLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PUBS / 参照: GenBank: 298105, UniProt: B7Z8K6*PLUS
#2: タンパク質
GAMMA-DELTA T-CELL RECEPTOR / T-CELL RECEPTOR GAMMA CHAIN


分子量: 27360.244 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VG9, JGP, CG1 / プラスミド: PLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PUBS / 参照: UniProt: P03986
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 28% PEG4000, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris-HCl, 20% glycerol, 4 mg/mL protein, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 mg/mlprotein1drop
228 %PEG40001drop
30.2 M1dropLi2SO4
40.1 MTris-HCl1drop
520 %glycerol1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月28日 / 詳細: Yale mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→60 Å / Num. all: 42118 / Num. obs: 42118 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 59.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
最低解像度: 60 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.12→30.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1900398.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Initial model was built into and refined against a 3.25 Angstroms SeMet MAD data set (same space group with very similar unit cell). That model was then brought into this unit cell and ...詳細: Initial model was built into and refined against a 3.25 Angstroms SeMet MAD data set (same space group with very similar unit cell). That model was then brought into this unit cell and refined against this 3.12 Angstroms data.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1938 5.2 %SHELLS
Rwork0.219 ---
obs0.219 37543 99 %-
all-40945 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.0227 Å2 / ksol: 0.298879 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-24.14 Å20 Å27.44 Å2
2---19.46 Å20 Å2
3----4.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→30.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13756 0 10 54 13820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.72.5
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 2

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)Weight position
11RESTRAINED GROUP 1 MAINCHAIN ATOMS OF V DELTA DOMAINS, RESIDUES 1-24, 36-50, 56-68, 75-93, AND 109-118 FROM CHAINS A, C, E, AND G GROUP 2 MAINCHAIN ATOMS OF V GAMMA DOMAINS, RESIDUES 1-24, 35-52, 58-72, 80-99, AND 112-122 FROM CHAINS B, D, F, AND H GROUP 3 MAINCHAIN ATOMS OF C DELTA DOMAINS, RESIDUES 125-206 FROM CHAINS A, C, E, AND G GROUP 4 MAINCHAIN ATOMS OF C GAMMA DOMAINS, RESIDUES 130-168 AND 176-230 FROM CHAINS B, D, F, AND H GROUP 5 SIDECHAIN ATOMS OF V DELTA DOMAINS, RESIDUES 1-24, 36-50, 56-60, 62-68, 75-77, 79-93, AND 109-118 FROM CHAINS A, C, E, AND G GROUP 6 SIDECHAIN ATOMS OF V GAMMA DOMAINS, RESIDUES 1-16, 18-24, 35-52, 58-72, 80-88, 90-99, AND 112-122 FROM CHAINS B, D, F, AND H GROUP 7 SIDECHAIN ATOMS OF C DELTA DOMAINS, RESIDUES 125-157 AND 159-206 FROM CHAINS A, C, E, AND G GROUP 8 SIDECHAIN ATOMS OF C GAMMA DOMAINS, RESIDUES 130-146, 149-168, 176-208, AND 210-230 FROM CHAINS B, D, F, AND H8.830.03200
226.020.04200
335.850.03200
444.930.03200
558.60.05100
666.980.08100
776.90.06100
886.070.06100
LS精密化 シェル解像度: 3.12→3.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 300 4.8 %
Rwork0.29 5890 -
obs--98.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.2 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 42.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.343 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor Rwork: 0.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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