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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hx0 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of pig pancreatic alpha-amylase complexed with the "truncate" acarbose molecule (pseudotrisaccharide) | |||||||||||||||
![]() | ALPHA AMYLASE (PPA) | |||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Alpha-amylase / inhibitor / carbohydrate / pancreas | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-amylase / carbohydrate catabolic process / alpha-amylase activity / chloride ion binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Qian, M. / Payan, F. | |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Enzyme-catalyzed condensation reaction in a mammalian alpha-amylase. High-resolution structural analysis of an enzyme-inhibitor complex 著者: Qian, M. / Nahoum, V. / Bonicel, J. / Bischoff, H. / Henrissat, B. / Payan, F. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of pig pancreatic alpha-amylase isoenzyme II, in complex with the carbohydrate inhibitor acarbose 著者: Gilles, C. / Astier, J.P. / Marchis-Mouren, G. / Cambillau, C. / Payan, F. #2: ![]() タイトル: The active center of a mammalian alpha-amylase. Structure of the complex of a pancreatic alpha-amylase with a carbohydrate inhibitor refined to 2.2-A resolution 著者: Qian, M. / Haser, R. / Buisson, G. / Duee, E. / Payan, F. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 269.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 217.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ppiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 55472.828 Da / 分子数: 1 / 変異: Q16PCA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 948.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
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#3: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose |
-非ポリマー , 4種, 938分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | RESIDUE GLC 1993 AND GBC 2993 ARE IN ALTERNATE CONFORMATI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.38 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 8.5 / 詳細: CaCl2, pH 8.5, batch, temperature 277K |
結晶化 | *PLUS 詳細: Qian, M., (1993) J. Mol. Biol., 232, 785. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月20日 |
放射 | モノクロメーター: bouble-diamond crystal (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→35 Å / Num. all: 189616 / Num. obs: 184003 / % possible obs: 97.04 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.38→1.42 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique all: 16627 / % possible all: 96.13 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 507677 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.13 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PPI 解像度: 1.38→35 Å / 交差検証法: throughout FREE R / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.38→35 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.38 Å / 最低解像度: 1.42 Å / Num. reflection obs: 47628 |