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- PDB-1hwu: STRUCTURE OF PII PROTEIN FROM HERBASPIRILLUM SEROPEDICAE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hwu
タイトルSTRUCTURE OF PII PROTEIN FROM HERBASPIRILLUM SEROPEDICAE
要素PII PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / Herbaspirillum seropedicae PII / Beta-alpha-beta motif / signal transduction protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nitrogen regulatory protein P-II, urydylation site / P-II protein uridylation site. / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / P-II protein family profile. / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta ...Nitrogen regulatory protein P-II, urydylation site / P-II protein uridylation site. / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / P-II protein family profile. / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitrogen regulatory P-II protein
類似検索 - 構成要素
生物種Herbaspirillum seropedicae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Benelli, E.M. / Buck, M. / Polikarpov, I. / De Souza, E.M. / Cruz, L.M. / Pedrosa, F.O.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Herbaspirillum seropedicae signal transduction protein PII is structurally similar to the enteric GlnK.
著者: Machado Benelli, E. / Buck, M. / Polikarpov, I. / Maltempi de Souza, E. / Cruz, L.M. / Pedrosa, F.O.
履歴
登録2001年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PII PROTEIN
B: PII PROTEIN
C: PII PROTEIN
D: PII PROTEIN
E: PII PROTEIN
F: PII PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7056
ポリマ－73,7056
非ポリマー00
水2,126118
1
A: PII PROTEIN
B: PII PROTEIN
C: PII PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8533
ポリマ－36,8533
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14150 Å2
手法PISA
2
D: PII PROTEIN
E: PII PROTEIN
F: PII PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8533
ポリマ－36,8533
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
3
A: PII PROTEIN
B: PII PROTEIN
C: PII PROTEIN

D: PII PROTEIN
E: PII PROTEIN
F: PII PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7056
ポリマ－73,7056
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area13730 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area26000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.410, 82.320, 100.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
PII PROTEIN


分子量: 12284.189 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Herbaspirillum seropedicae (バクテリア)
遺伝子: GLNB / プラスミド: PET28B+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RB9065(LAMBDA)DE3 / 参照: UniProt: P94852
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Sodium Cacodylate, Magnesium Acetate, Methylpentadiol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
113 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH8.0
350 mM1dropNaCl
420 %glycerol1drop
50.1 mMEDTA1drop
630 %MPD1reservoir
70.1 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5
80.2 mMmagnesium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→13 Å / Num. all: 146413 / Num. obs: 36523 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.322 / Num. unique all: 36523 / % possible all: 95.5
反射
*PLUS
% possible obs: 94 % / 冗長度: 3 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 95 % / Num. unique obs: 2415

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PII

2pii


解像度: 2.1→13 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.272 5 RANDOM
Rwork0.203 --
all-146413 -
obs-146413 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4313 0 0 118 4431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.044
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 36331 / Num. reflection Rfree: 1820 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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