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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hvh | ||||||
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タイトル | NONPEPTIDE CYCLIC CYANOGUANIDINES AS HIV PROTEASE INHIBITORS | ||||||
![]() | HIV-1 PROTEASE | ||||||
![]() | ACID PROTEASE / HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Chang, C.-H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Nonpeptide cyclic cyanoguanidines as HIV-1 protease inhibitors: synthesis, structure-activity relationships, and X-ray crystal structure studies. 著者: Jadhav, P.K. / Woerner, F.J. / Lam, P.Y. / Hodge, C.N. / Eyermann, C.J. / Man, H.W. / Daneker, W.F. / Bacheler, L.T. / Rayner, M.M. / Meek, J.L. / Erickson-Viitanen, S. / Jackson, D.A. / ...著者: Jadhav, P.K. / Woerner, F.J. / Lam, P.Y. / Hodge, C.N. / Eyermann, C.J. / Man, H.W. / Daneker, W.F. / Bacheler, L.T. / Rayner, M.M. / Meek, J.L. / Erickson-Viitanen, S. / Jackson, D.A. / Calabrese, J.C. / Schadt, M. / Chang, C.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 553.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 572.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1hvrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10757.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Q8261 OF DUPONT MERCK AS INHIBITOR 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / Variant: BH102 ISOLATE / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-Q82 / {[ | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 16515 / % possible obs: 90 % / Num. measured all: 69844 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: 1HVR Rfactor Rwork: 0.188 / Rfactor obs: 0.188 / 最高解像度: 1.8 Å 詳細: THERE ARE TWO BINDING MODES OF INHIBITOR AND CORRESPONDING CONFORMATIONS OF FLAP, RESIDUE 45-54. EACH MATCHING CONFORMATION IS DESIGNATED AS "A" OR "B" IN COLUMN 17 OF THE ATOM RECORDS. ...詳細: THERE ARE TWO BINDING MODES OF INHIBITOR AND CORRESPONDING CONFORMATIONS OF FLAP, RESIDUE 45-54. EACH MATCHING CONFORMATION IS DESIGNATED AS "A" OR "B" IN COLUMN 17 OF THE ATOM RECORDS. OCCUPANCY OF THESE WAS SET AT 0.5 AND WAS NOT REFINED. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |