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- PDB-1hv2: SOLUTION STRUCTURE OF YEAST ELONGIN C IN COMPLEX WITH A VON HIPPE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hv2
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF YEAST ELONGIN C IN COMPLEX WITH A VON HIPPEL-LINDAU PEPTIDE
要素
  • ELONGIN C
  • VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of catecholamine metabolic process / RHOBTB3 ATPase cycle / nucleotide-excision repair factor 4 complex / homeostasis of number of retina cells / pancreatic A cell differentiation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / regulation of thymocyte apoptotic process / ciliary body morphogenesis / type B pancreatic cell differentiation / iris morphogenesis ...regulation of catecholamine metabolic process / RHOBTB3 ATPase cycle / nucleotide-excision repair factor 4 complex / homeostasis of number of retina cells / pancreatic A cell differentiation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / regulation of thymocyte apoptotic process / ciliary body morphogenesis / type B pancreatic cell differentiation / iris morphogenesis / negative regulation of endothelial cell differentiation / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / melanin metabolic process / eye pigmentation / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / blood vessel endothelial cell migration / global genome nucleotide-excision repair / endothelial cell differentiation / regulation protein catabolic process at postsynapse / camera-type eye morphogenesis / Neddylation / regulation of apoptotic signaling pathway / VCB complex / elongin complex / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of postsynapse organization / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / proteasomal protein catabolic process / response to UV / negative regulation of TORC1 signaling / extracellular matrix organization / positive regulation of epithelial cell proliferation / nucleotide-excision repair / protein catabolic process / neuron differentiation / protein transport / regulation of gene expression / regulation of protein localization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / angiogenesis / response to ethanol / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / postsynaptic density / cilium / negative regulation of gene expression / protein-containing complex binding / nucleolus / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / distance geometry, simulating annealing
データ登録者Botuyan, M.V. / Mer, G. / Yi, G.-S. / Koth, C.M. / Case, D.A. / Edwards, A.M. / Chazin, W.J. / Arrowsmith, C.H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution structure and dynamics of yeast elongin C in complex with a von Hippel-Lindau peptide.
著者: Botuyan, M.V. / Mer, G. / Yi, G.S. / Koth, C.M. / Case, D.A. / Edwards, A.M. / Chazin, W.J. / Arrowsmith, C.H.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Binding of Elongin A or a von Hippel-Lindau Peptide Stabilizes the Structure of Yeast Elongin C
著者: Botuyan, M.V. / Koth, C.M. / Mer, G. / Chakrabartty, A. / Conaway, J.W. / Conaway, R.C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Chazin, W.J.
履歴
登録2001年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ELONGIN C
B: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1152
ポリマ－13,1152
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100The submitted conformer models are the 20 structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 ELONGIN C / ELC1


分子量: 11338.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03071
#2: タンパク質・ペプチド VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR / G7 PROTEIN


分子量: 1776.195 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 157-171 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This peptide was chemically synthesized / 参照: UniProt: P40338

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1312D NOESY
1413D 13C/15N-filter-edited NOESY
1523D 13C/15N-filter-edited NOESY
1622D double-half filtered NOESY
1722D double-half filtered COSY
1822D double-half filtered TOCSY
191HNHA
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1U-15; U-15N,13C; 10mM sodium phosphate buffer (pH 7.0); 100 mM NaCl; 7.5 mM DTT93% H2O/7% D2O
2U-15; U-15N,13C; 10mM sodium phosphate buffer (pH 7.0); 100 mM NaCl; 7.5 mM DTT100% D2O
試料状態pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DMXBrukerDMX7503
Bruker DRXBrukerDRX8004
Varian UNITYVarianUNITY5005
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6006

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe3Delaglio et al.解析
DIANA2.8Guntert and Wuthrich構造決定
Amber6Case et al.精密化
NMRView3Johnson and Blevinsデータ解析
精密化手法: distance geometry, simulating annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are the 20 structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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