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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hv1 | ||||||
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タイトル | DISSECTING ELECTROSTATIC INTERACTIONS AND THE PH-DEPENDENT ACTIVITY OF A FAMILY 11 GLYCOSIDASE | ||||||
要素 | ENDO-1,4-BETA-XYLANASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / beta sheet | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus circulans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Joshi, M.D. / Sidhu, G. / Nielsen, J.E. / Brayer, G.D. / Withers, S.G. / McIntosh, L.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Dissecting the electrostatic interactions and pH-dependent activity of a family 11 glycosidase. 著者: Joshi, M.D. / Sidhu, G. / Nielsen, J.E. / Brayer, G.D. / Withers, S.G. / McIntosh, L.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hv1.cif.gz | 51.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hv1.ent.gz | 36.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hv1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hv1_validation.pdf.gz | 407.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hv1_full_validation.pdf.gz | 408.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hv1_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hv1_validation.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/1hv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/1hv1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20351.955 Da / 分子数: 1 / 断片: Q127A_BCX / 変異: Q127A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) / プラスミド: PCW / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P09850, endo-1,4-beta-xylanase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: ammonimu sulphate, sodium chloride, TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Sidhu, G., (1999) Biochemistry, 38, 5346. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 17548 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.115 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 157188 |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 6.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BCX 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→10 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rwork: 0.164 |