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Yorodumi- PDB-5uf8: Crystal structure of the ARF family small GTPase ARF2 from Candid... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uf8 | ||||||
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Title | Crystal structure of the ARF family small GTPase ARF2 from Candida albicans in complex with GDP | ||||||
Components | Potential ADP-ribosylation factor | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Signalling protein / GTPase / GDP / GTP / ARF family / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to xenobiotic stimulus => GO:0071466 / filamentous growth / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / GTPase activity / GTP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Candida albicans (yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.872 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the ARF family small GTPase ARF2 from Candida albicans in complex with GDP Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uf8.cif.gz | 284.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uf8.ent.gz | 232.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uf8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5uf8_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5uf8_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 5uf8_validation.xml.gz | 31.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5uf8_validation.cif.gz | 44.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/5uf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/5uf8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1mr3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20593.467 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (yeast) Strain: SC5314 / ATCC MYA-2876 / Gene: ARF2, orf19.5964, CaO19.13385, CaO19.5964 / Plasmid: pMCSG68SBPTEV / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)Gold / References: UniProt: Q5AND9 #2: Chemical | ChemComp-GDP / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 30% PEG2K MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 5 mM magnesium chloride, 5 mM ADP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 13, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.88→25 Å / Num. obs: 53906 / % possible obs: 93.4 % / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 41.35 |
Reflection shell | Resolution: 1.88→1.91 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 5.04 / CC1/2: 0.838 / % possible all: 90.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1MR3 Resolution: 1.872→24.873 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.1 / Phase error: 29.96 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.872→24.873 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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