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- PDB-1hux: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACIDAMINOCOCCUS FERMENTANS (R)-2-HYDROXY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hux
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ACIDAMINOCOCCUS FERMENTANS (R)-2-HYDROXYGLUTARYL-COA DEHYDRATASE COMPONENT A
要素ACTIVATOR OF (R)-2-HYDROXYGLUTARYL-COA DEHYDRATASE
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / actin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamate catabolic process via 2-hydroxyglutarate / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CoA enzyme activase / : / ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type / BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activating ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Acidaminococcus fermentans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Locher, K.P. / Hans, M. / Yeh, A.P. / Schmid, B. / Buckel, W. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the Acidaminococcus fermentans 2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase component A.
著者: Locher, K.P. / Hans, M. / Yeh, A.P. / Schmid, B. / Buckel, W. / Rees, D.C.
履歴
登録2001年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE TEN ADDITIONAL RESIDUES AT THE C-TERMINUS CORRESPOND TO AN ENGINEERED STREP-II TAG ...SEQUENCE THE TEN ADDITIONAL RESIDUES AT THE C-TERMINUS CORRESPOND TO AN ENGINEERED STREP-II TAG THAT APPEARS DISORDERED IN THE STRUCTURE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTIVATOR OF (R)-2-HYDROXYGLUTARYL-COA DEHYDRATASE
B: ACTIVATOR OF (R)-2-HYDROXYGLUTARYL-COA DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2105
ポリマ－57,0032
非ポリマー1,2063
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area22500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.070, 51.990, 74.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Asymmetric unit contains the functional homodimer with the bridging [4Fe-4S] cluster

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要素

#1: タンパク質 ACTIVATOR OF (R)-2-HYDROXYGLUTARYL-COA DEHYDRATASE


分子量: 28501.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidaminococcus fermentans (バクテリア)
遺伝子: HGDC / プラスミド: PMH6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 BLUE / 参照: UniProt: P11568
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM sodium citrate pH 5.6, 20% PEG 4000, 20% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120-40 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
30.3 M1dropNaCl
410 mM1dropMgCl2
51 mMADP1drop
6100 mMsodium citrate1reservoir
720 %(w/v)PEG40001reservoir
820 %(v/v)isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.6920, 1.7395, 1.7419, 1.7968
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月24日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(220) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.6921
21.73951
31.74191
41.79681
反射解像度: 3→43 Å / Num. all: 11525 / Num. obs: 11525 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.92 % / Biso Wilson estimate: 56.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 10 / Rsym value: 0.203 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 79725
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber (CNS)
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.279 2125 RANDOM
Rwork0.236 --
all-21674 -
obs-21635 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3794 0 62 0 3856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0098
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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