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- PDB-1hrb: ATOMIC MODELS FOR THE POLYPEPTIDE BACKBONES OF MYOHEMERYTHRIN AND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hrb
タイトルATOMIC MODELS FOR THE POLYPEPTIDE BACKBONES OF MYOHEMERYTHRIN AND HEMERYTHRIN
要素HEMERYTHRIN B
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Haemerythrin / Hemerythrin, metal-binding domain / Haemerythrin, iron-binding site / Hemerythrin-like superfamily / : / Hemerythrin family signature. / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Phascolopsis gouldii (無脊椎動物)
手法X線回折 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Hendrickson, W.A. / Ward, K.B.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1975
タイトル: Atomic models for the polypeptide backbones of myohemerythrin and hemerythrin.
著者: Hendrickson, W.A. / Ward, K.B.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1975
タイトル: Quaternary and Tertiary Structure of Haemerythrin
著者: Ward, K.B. / Hendrickson, W.A. / Klippenstein, G.L.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1976
タイトル: Hemerythrin. Alternative Oxygen Carrier
著者: Klotz, I.M. / Klippenstein, G.L. / Hendrickson, W.A.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1975
タイトル: Tertiary Structure of Myohemerythrin at Low Resolution
著者: Hendrickson, W.A. / Klippenstein, G.L. / Ward, K.B.
#4: ジャーナル: Atlas of Macromolecular Structure on Microfiche
年: 1976
履歴
登録1976年6月23日処理サイト: BNL
改定 1.01978年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMERYTHRIN B
B: HEMERYTHRIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0196
ポリマ－26,7962
非ポリマー2234
水00
1
A: HEMERYTHRIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5103
ポリマ－13,3981
非ポリマー1122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HEMERYTHRIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5103
ポリマ－13,3981
非ポリマー1122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.820, 104.820, 54.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number89
Space group name H-MP422
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (0.707107, 0.707107), (-0.707107, 0.707107), (1) / ベクター: 74.118933, 27.04)

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要素

#1: タンパク質 HEMERYTHRIN B / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13398.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phascolopsis gouldii (無脊椎動物)
組織: COELOMIC FLUID / 参照: UniProt: P02244
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 5.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 5.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数226 0 4 0 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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