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- PDB-1hr3: STRUCTURE OF TRIMERIC HAEMERYTHRIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hr3
タイトルSTRUCTURE OF TRIMERIC HAEMERYTHRIN
要素HEMERYTHRIN
キーワードOXYGEN TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性MONOAZIDO-MU-OXO-DIIRON
機能・相同性情報
生物種Siphonosoma (無脊椎動物)
手法X線回折 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Smith, J.L. / Hendrickson, W.A. / Addison, A.W.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1983
タイトル: Structure of trimeric haemerythrin.
著者: Smith, J.L. / Hendrickson, W.A. / Addison, A.W.
#1: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 1977
タイトル: Chemistry of Phascolosoma Lurco Hemerythrin
著者: Addison, A.W. / Bruce, R.E.
履歴
登録1983年5月6日処理サイト: BNL
改定 1.01983年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMERYTHRIN
B: HEMERYTHRIN
C: HEMERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6906
ポリマ－30,1813
非ポリマー5093
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.310, 45.110, 63.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES 7 AND 90 ARE CIS-PROLINES
2: FEA IS MONOAZIDO-MU-OXO-DIIRON. ONLY THE COORDINATES FOR THE TWO IRON ATOMS ARE PRESENT IN THIS ENTRY. SEE REMARK 7.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.03309, 0.59094, -0.80604), (0.78532, 0.51422, 0.34473), (0.61821, -0.62159, -0.48109)15.42, -4.91, 40.7
2given(-0.03309, 0.78532, 0.61821), (0.59094, 0.51422, -0.62159), (-0.80604, 0.34476, -0.48109)-20.79, 18.71, 33.7
詳細APPLYING THE TRANSFORMATION GIVEN ON THE MTRIX 1 RECORDS BELOW TO SUBUNIT 1 (CHAIN IDENTIFIER A) WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR SUBUNIT 2 (CHAIN IDENTIFIER B). FOR THIS TRANSFORMATION PHI=11.37, PSI=34.69, CHI=120.00, WHERE PHI, PSI, CHI FOLLOW THE CONVENTION OF M.G.ROSSMANN AND D.M.BLOW (ACTA CRYSTALLOGR., V. 15, P. 24 (1962)). APPLYING THE TRANSFORMATION GIVEN ON THE MTRIX 2 RECORDS BELOW TO SUBUNIT 1 (CHAIN IDENTIFIER A) WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR SUBUNIT 3 (CHAIN IDENTIFIER C). FOR THIS TRANSFORMATION PHI=11.37, PSI=34.69, CHI=-120.00.

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要素

#1: タンパク質 HEMERYTHRIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10060.393 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Siphonosoma (無脊椎動物)
#2: 化合物 ChemComp-FEA / MONOAZIDO-MU-OXO-DIIRON


分子量: 169.709 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2N3O
非ポリマーの詳細BECAUSE THIS IS A CA COORDINATE SET, THE CONNECTIVITY OF THE IRON ATOMS OF FEA CANNOT BE SPECIFIED ...BECAUSE THIS IS A CA COORDINATE SET, THE CONNECTIVITY OF THE IRON ATOMS OF FEA CANNOT BE SPECIFIED ON CONECT RECORDS. THE CONNECTIVITY IS AS FOLLOWS FE1 NE2 HIS 73 NE2 HIS 77 NE2 HIS 106 OE1 GLU 58 OD1 ASP 111 0 FEA 1 FE2 NE2 HIS 25 NE2 HIS 54 OE2 GLU 58 OD2 ASP 111 O FEA 1 N1 FEA 1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.66 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: referred to J.Biol.Chem. 257.9883-9886 1982
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5-5.0 mg/mlprotein1drop
2cacodylate1drop
3PEG60001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS

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解析

精密化最高解像度: 5.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 5.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数354 0 6 0 360
精密化
*PLUS
最高解像度: 5.5 Å / Rfactor obs: 0.336
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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