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万見
- PDB-1hpu: 5'-NUCLEOTIDASE (CLOSED FORM), COMPLEX WITH AMPCP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hpu
タイトル5'-NUCLEOTIDASE (CLOSED FORM), COMPLEX WITH AMPCP
要素5'-NUCLEOTIDASE
キーワードHYDROLASE / metalloenzyme / metallophosphatase / domain rotation / domain movement
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-sugar diphosphatase / UDP-sugar diphosphatase activity / nucleotide catabolic process / : / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / : / Protein UshA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Knoefel, T. / Straeter, N.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Mechanism of hydrolysis of phosphate esters by the dimetal center of 5'-nucleotidase based on crystal structures.
著者: Knofel, T. / Strater, N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: E. coli 5'-nucleotidase undergoes a hinge-bending domain rotation resembling a ball-and-socket motion
著者: Knoefel, T. / Straeter, N.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: X-RAY STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI PERIPLASMIC 5'-NUCLEOTIDASE CONTAINING A DIMETAL CATALYTIC SITE
著者: Knoefel, T. / Straeter, N.
履歴
登録2000年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-NUCLEOTIDASE
B: 5'-NUCLEOTIDASE
C: 5'-NUCLEOTIDASE
D: 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,25116
ポリマ－233,1104
非ポリマー2,14012
水21,9601219
1
A: 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8134
ポリマ－58,2781
非ポリマー5353
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8134
ポリマ－58,2781
非ポリマー5353
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8134
ポリマ－58,2781
非ポリマー5353
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 5'-NUCLEOTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8134
ポリマ－58,2781
非ポリマー5353
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.400, 89.960, 96.260
Angle α, β, γ (deg.)110.79, 106.43, 107.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
5'-NUCLEOTIDASE


分子量: 58277.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: USHA / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DS956
参照: UniProt: P07024, 5'-nucleotidase, UDP-sugar diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-A12 / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / α,β-メチレンADP


分子量: 425.228 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N5O9P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: sodium citrate, lithium chloride, manganese chloride, alpha,beta-methylene-ADP, PEG monomethylether 5000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Knofel, T., (2001) J.Mol.Biol., 309, 255.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMsodium citrate1reservoirpH6.0
280 mM1reservoirLiCl
32 mM1reservoirMnCl2
42 mMAMPCP1reservoir
515 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir
615 %(v/v)ethylenediol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8445 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月20日
放射モノクロメーター: BENT SINGLE-CRYSTAL GERMANIUM TRIANGULAR MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8445 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 203784 / Num. obs: 203784 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ush

3ush


解像度: 1.85→28.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1816055.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1981 1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 198903 97.1 %-
all-198903 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.81 Å2 / ksol: 0.3524 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.81 Å2-0.48 Å23.2 Å2
2---3.04 Å24.7 Å2
3---5.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16400 0 116 1219 17735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.772.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 295 0.9 %
Rwork0.301 31863 -
obs--94.2 %
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.952
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.772.5
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 0.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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