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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hp4 | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOMYCES PLICATUS BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE | |||||||||
![]() | BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE / glycosyl hydrolase / hexosaminidase / Streptomyces plicatus / family 20 / TIM barrel | |||||||||
機能・相同性 | ![]() beta-N-acetylhexosaminidase activity / glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / carbohydrate metabolic process / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mark, B.L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic evidence for substrate-assisted catalysis in a bacterial beta-hexosaminidase. 著者: Mark, B.L. / Vocadlo, D.J. / Knapp, S. / Triggs-Raine, B.L. / Withers, S.G. / James, M.N. #1: ![]() タイトル: Structural and Functional Characterization of Streptomyces plicatus Beta-N-acetylhexosaminidase by Comparative Molecular Modeling and Site-directed Mutagenesis 著者: Mark, B.L. / Wasney, G.A. / Salo, T.J. / Khan, A.R. / Cao, Z. / Robbins, P.W. / James, M.N. / Triggs-Raine, B.L. #2: ![]() タイトル: Cloning and High-level Expression of Chitinase-encoding Gene of Streptomyces plicatus 著者: Robbins, P.W. / Overbye, K. / Albright, C. / Benfield, B. / Pero, J. #3: ![]() タイトル: Cloning and Expression of a Streptomyces plicatus Chitinase (chitinase-63) in Escherichia coli 著者: Robbins, P.W. / Albright, C. / Benfield, B. #4: ![]() タイトル: Biochemical and Structural Assessment of the 1-N-Azasugar GalNAc-isofagomine as a Potent Family 20 beta -N-Acetylhexosaminidase Inhibitor. 著者: Mark, B.L. / Vocadlo, D.J. / Zhao, D. / Knapp, S. / Withers, S.G. / James, M.N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56126.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET3A(P3AHEX-1.8) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Ammonium sulphate, tri-sodium citrate, 20% glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月18日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Triangle Ge(111), Conical Si/Rh mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 47477 / Num. obs: 47413 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 56.1 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Mean I/σ(I) obs: 21.6 / % possible all: 99.3 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 416806 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 99.3 % / Num. unique obs: 3854 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.07 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 17.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.214 / % reflection Rfree: 9.6 % / Rfactor Rwork: 0.175 |