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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hp0 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AN INOSINE-ADENOSINE-GUANOSINE-PREFERRING NUCLEOSIDE HYDROLASE FROM TRYPANOSOMA VIVAX IN COMPLEX WITH THE SUBSTRATE ANALOGUE 3-DEAZA-ADENOSINE | ||||||
![]() | INOSINE-ADENOSINE-GUANOSINE-PREFERRING NUCLEOSIDE HYDROLASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / Rossmann-fold-like motif | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / nucleobase-containing compound metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Versees, W. / Decanniere, K. / Pelle, R. / Depoorter, J. / Parkin, D.W. / Steyaert, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and function of a novel purine specific nucleoside hydrolase from Trypanosoma vivax. 著者: Versees, W. / Decanniere, K. / Pelle, R. / Depoorter, J. / Brosens, E. / Parkin, D.W. / Steyaert, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37718.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PQE-30 (QIAGEN) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.96 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM tris, 1.6 M ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月20日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 406042 / Num. obs: 400764 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / % possible all: 96.1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 34667 / Num. measured all: 400764 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.1 % / Rmerge(I) obs: 0.377 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HOZ 解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.191 / Rfactor Rfree: 0.2539 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.207 / Rfactor Rwork: 0.145 |