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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hop | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF GUANINE NUCLEOTIDE (GPPCP) COMPLEX OF ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI AT PH 6.5 AND 25 DEGREES CELSIUS | ||||||
![]() | ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE | ||||||
![]() | LIGASE (SYNTHETASE) / PURINE NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS / LIGASE / GTP-BINDING ENZYMES / SYNTHETASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding ...adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding / magnesium ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Poland, B.W. / Hou, Z. / Bruns, C. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Refined crystal structures of guanine nucleotide complexes of adenylosuccinate synthetase from Escherichia coli. 著者: Poland, B.W. / Hou, Z. / Bruns, C. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. #1: ![]() タイトル: Refined Crystal Structures of Unligated Adenylosuccinate Synthetase from Escherichia Coli 著者: Silva, M.M. / Poland, B.W. / Hoffman, C.R. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Adenylosuccinate Synthetase from Escherichia Coli 著者: Poland, B.W. / Silva, M.M. / Serra, M.A. / Cho, Y. / Kim, K.H. / Harris, E.M. / Honzatko, R.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 228.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 184.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 898.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 941.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.98924, 0.01055, -0.14595), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47269.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: NATIVE P212121 CRYSTALS WERE SOAKED WITH 5'-GUANOSYL-METHYLENE-TRIPHOSPHATE 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: NATIVE P212121 CRYSTALS WERE SOAKED WITH 5'-GUANOSYL-METHYLENE-TRIPHOSPHATE., pH 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 37785 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.09 % / Rmerge(I) obs: 0.082 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. measured all: 78880 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→15 Å / σ(F): 4
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.19 / Rfactor obs: 0.185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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