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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hnx | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT IN COMPLEX WITH PACTAMYCIN | ||||||
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![]() | RIBOSOME / 30S RIBOSOMAL SUBUNIT / ANTIBIOTIC / PACTAMYCIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brodersen, D.E. / Clemons Jr., W.M. / Carter, A.P. / Morgan-Warren, R. / Wimberly, B.T. / Ramakrishnan, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structural basis for the action of the antibiotics tetracycline, pactamycin, and hygromycin B on the 30S ribosomal subunit. 著者: Brodersen, D.E. / Clemons Jr., W.M. / Carter, A.P. / Morgan-Warren, R.J. / Wimberly, B.T. / Ramakrishnan, V. #1: ![]() タイトル: The Structure of the 30S Ribosomal Subunit 著者: Wimberly, B.T. / Brodersen, D.E. / Clemons Jr., W.M. / Morgan-Warren, R. / Carter, A.P. / Vonrhein, C. / Hartsch, T. / Ramakrishnan, V. #2: ![]() タイトル: Functional Insights from the Structure of the 30S Ribosomal Subunit and its Interactions with Antibiotics 著者: Carter, A.P. / Clemons Jr., W.M. / Brodersen, D.E. / Wimberly, B.T. / Morgan-Warren, R. / Ramakrishnan, V. #3: ![]() タイトル: Structure of a Bacterial 30S Ribosomal Subunit at 5.5A Resolution 著者: Clemons Jr., W.M. / May, J.L.C. / Wimberly, B.T. / Mccutcheon, J.P. / Capel, M.S. / Ramakrishnan, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 935.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 165.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 233.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AX
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1790.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTV
#3: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 11722.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#22: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3218.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 99分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PCY.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/PCY.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#23: 化合物 | ChemComp-MG / #24: 化合物 | ChemComp-PCY / | #25: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277 K. MPD, NH4CL, KCL, CACL2, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.50. 80 uM Pactamycin soaked into preformed crystals. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: unknown / 詳細: Wimberly, B.T., (2000) Nature, 407, 327. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9395 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→99 Å / Num. all: 184902 / Num. obs: 184902 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.75 % / Biso Wilson estimate: 85.45 Å2 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique all: 17552 / Rsym value: 0.424 / % possible all: 90.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.4 Å / 最低解像度: 99 Å / Num. measured all: 735955 / Rmerge(I) obs: 0.125 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.424 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1FJF ![]() 1fjf 解像度: 3.4→95.34 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: PROTEINS: ENGH & HUBER, RNA: PARKINSON AT AL. 詳細: First round of refinement was carried out without the antibiotic and mRNA mimic
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS MASK MODEL / Bsol: 300 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 75.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→95.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.52 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS % reflection Rfree: 5.2 % |