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- PDB-1hlo: THE CRYSTAL STRUCTURE OF AN INTACT HUMAN MAX-DNA COMPLEX: NEW INS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hlo
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF AN INTACT HUMAN MAX-DNA COMPLEX: NEW INSIGHTS INTO MECHANISMS OF TRANSCRIPTIONAL CONTROL
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
  • PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR MAX)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTIONAL REGULATION / DNA BINDING / COMPLEX (TRANSCRIPTION FACTOR MAX-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Mad-Max complex / Myc-Max complex / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Transcriptional Regulation by E2F6 / E-box binding / MLL1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / protein-DNA complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific ...Mad-Max complex / Myc-Max complex / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Transcriptional Regulation by E2F6 / E-box binding / MLL1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / protein-DNA complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / dendrite / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein max
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Brownlie, P. / Ceska, T.A. / Lamers, M. / Romier, C. / Theo, H. / Suck, D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The crystal structure of an intact human Max-DNA complex: new insights into mechanisms of transcriptional control.
著者: Brownlie, P. / Ceska, T. / Lamers, M. / Romier, C. / Stier, G. / Teo, H. / Suck, D.
履歴
登録1997年9月10日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*G)-3')
A: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR MAX)
B: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR MAX)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7934
ポリマ－25,7934
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.000, 108.000, 127.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量: 3334.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*G)-3')


分子量: 3374.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR MAX)


分子量: 9542.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61244
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.32 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3NA CITRATE11
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 53 %
結晶化
*PLUS
PH range low: 4 / PH range high: 3.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118 mg/mlprotein1drop
221 %1reservoir
3100 mMsodium citrate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 96 % / Rsym value: 0.098
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.098

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
精密化解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.273 -
Rwork0.213 -
obs0.213 9496
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1283 445 0 18 1746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 10256 / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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