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- PDB-1hk0: Human GammaD Crystallin Structure at 1.25 A Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hk0
タイトルHuman GammaD Crystallin Structure at 1.25 A Resolution
要素Gamma-crystallin D
キーワードEYE LENS PROTEIN / CATARACT (白内障)
機能・相同性
機能・相同性情報


lens fiber cell differentiation / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / 視覚 / cellular response to reactive oxygen species / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
クリスタリン / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-crystallin D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Basak, A.K. / Slingsby, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: High-Resolution X-Ray Crystal Structures of Human Gammad Crystallin (1.25A) and the R58H Mutant (1.15A) Associated with Aculeiform Cataract
著者: Basak, A.K. / Bateman, O. / Slingsby, C. / Pande, A. / Asherie, N. / Ogun, O. / Benedek, G. / Pande, J.
#1: ジャーナル: Exp.Eye Res. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Calf Eye Lens Gamma-Crystallin Iiib at 2.5 A Resolution: Its Relation to Function
著者: Yu, C. / Nevskaya, N. / Vernoslova, E. / Nikonov, S. / Yu, S. / Brazhnikov, E. / Fomenkova, N. / Lunin, V. / Urzhumtsev, A.
履歴
登録2003年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年12月12日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_entity_src_syn / struct / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _citation.page_last / _entity.pdbx_description ..._citation.page_last / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _exptl_crystal_grow.temp / _struct.title / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Gamma-crystallin D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6351
ポリマ－20,6351
非ポリマー00
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)33.220, 52.971, 90.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Gamma-crystallin D / Gamma-D-crystallin / Gamma-crystallin 4


分子量: 20634.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYGD, CRYG4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P07320
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7 / 詳細: 10MM PHOSPHATE, 4 DEGREE CELSIUS, pH 7.00
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMsodium phosphate11pH7.
220 mldithiothreitol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: LAUE DIAMOND C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→28.17 Å / Num. obs: 39066 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 45.5
反射
*PLUS
Num. obs: 39021 / Num. measured all: 212732
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 45.5 % / 冗長度: 1.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ELP

1elp


解像度: 1.25→28.17 Å / SU B: 0.877 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 3238 8.3 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.167 35783 86.84 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→28.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1447 0 0 282 1729
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 8 % / Rfactor obs: 0.1671 / Rfactor Rfree: 0.2078 / Rfactor Rwork: 0.1636
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.786
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.529

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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