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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hk0 | ||||||
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タイトル | Human GammaD Crystallin Structure at 1.25 A Resolution | ||||||
要素 | Gamma-crystallin D | ||||||
キーワード | EYE LENS PROTEIN / CATARACT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lens fiber cell differentiation / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / cellular response to reactive oxygen species / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Basak, A.K. / Slingsby, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: High-Resolution X-Ray Crystal Structures of Human Gammad Crystallin (1.25A) and the R58H Mutant (1.15A) Associated with Aculeiform Cataract 著者: Basak, A.K. / Bateman, O. / Slingsby, C. / Pande, A. / Asherie, N. / Ogun, O. / Benedek, G. / Pande, J. #1: ジャーナル: Exp.Eye Res. / 年: 1991 タイトル: Crystal Structure of Calf Eye Lens Gamma-Crystallin Iiib at 2.5 A Resolution: Its Relation to Function 著者: Yu, C. / Nevskaya, N. / Vernoslova, E. / Nikonov, S. / Yu, S. / Brazhnikov, E. / Fomenkova, N. / Lunin, V. / Urzhumtsev, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hk0.cif.gz | 95.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hk0.ent.gz | 72.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hk0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hk0_validation.pdf.gz | 425.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hk0_full_validation.pdf.gz | 426.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hk0_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hk0_validation.cif.gz | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/1hk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/1hk0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20634.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYGD, CRYG4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P07320 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 7 / 詳細: 10MM PHOSPHATE, 4 DEGREE CELSIUS, pH 7.00 | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月15日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: LAUE DIAMOND C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→28.17 Å / Num. obs: 39066 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 45.5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 39021 / Num. measured all: 212732 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 45.5 % / 冗長度: 1.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ELP 解像度: 1.25→28.17 Å / SU B: 0.877 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→28.17 Å
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 8 % / Rfactor obs: 0.1671 / Rfactor Rfree: 0.2078 / Rfactor Rwork: 0.1636 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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