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万見
- PDB-1hja: LYS 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hja
タイトルLYS 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH ALPHA-CHYMOTRYPSIN
要素
  • (ALPHA-CHYMOTRYPSIN) x 3
  • OVOMUCOID INHIBITOR
キーワードCOMPLEX (HYDROLASE/INHIBITOR) / COMPLEX (HYDROLASE-INHIBITOR) / ALPHA-CHYMOTRYPSIN / PROTEIN INHIBITOR / COMPLEX (HYDROLASE-INHIBITOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / molecular function inhibitor activity / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Serine proteases, trypsin family, histidine active site ...Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsinogen A / Ovomucoid
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ding, J.-H. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Lys18 Variant of Turkey Ovomucoid Inhibitor Third Domain Complexed with Alpha-Chymotrypsin at 2.3 A
著者: Ding, J. / Qasim, M.A. / Laskowski Junior, M. / James, M.N.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Crystal and Molecular Structures of the Complex of Alpha-Chymotrypsin with its Inhibitor Turkey Ovomucoid Third Domain at 1.8 A Resolution
著者: Fujinaga, M. / Sielecki, A.R. / Read, R.J. / Ardelt, W. / Laskowski Junior, M. / James, M.N.
履歴
登録1997年7月9日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年6月1日Group: Database references
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52023年8月9日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-CHYMOTRYPSIN
B: ALPHA-CHYMOTRYPSIN
C: ALPHA-CHYMOTRYPSIN
I: OVOMUCOID INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8644
ポリマ－30,8644
非ポリマー00
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8930 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area11600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.470, 103.470, 47.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA-CHYMOTRYPSIN


分子量: 1253.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COMMERCIAL PRODUCT OF WORTHINGTON BIOCHEMICAL CORPORATION
由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#2: タンパク質 ALPHA-CHYMOTRYPSIN


分子量: 13934.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ)
解説: COMMERCIAL PRODUCT OF WORTHINGTON BIOCHEMICAL CORPORATION
プラスミド: PEZZ318.TKY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#3: タンパク質 ALPHA-CHYMOTRYPSIN


分子量: 10074.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ)
解説: COMMERCIAL PRODUCT OF WORTHINGTON BIOCHEMICAL CORPORATION
プラスミド: PEZZ318.TKY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#4: タンパク質 OVOMUCOID INHIBITOR / LYS18-OMTKY3


分子量: 5601.311 Da / 分子数: 1
Fragment: THIRD DOMAIN, DELETION OF FIRST 5 RESIDUES FROM N-TERMINUS
Mutation: DEL(1-5), L18K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR
由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
プラスミド: PEZZ318.TKY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68390
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
解説: ALPHA-CHYMOTRYPSIN (E.C.3.4.21.1) COMPLEX WITH TURKEY OVOMUCOID THIRD DOMAIN
結晶化pH: 6 / 詳細: 0.1 M KH2PO4/K2HPO4 PH=6.0 10% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年11月4日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→10 Å / Num. obs: 11136 / % possible obs: 86.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 5.89
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / % possible all: 69.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
X-PLOR3.843モデル構築
X-PLOR3.843精密化
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.843位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CHO

1cho


解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 -10 %
Rwork0.193 --
obs0.193 11136 86.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 14.55 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2138 0 0 99 2237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.536
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.43
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.331
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 -9.6 %
Rwork0.2707 997 -
obs--69.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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