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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hiy | ||||||
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タイトル | Binding of nucleotides to NDP kinase | ||||||
要素 | NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / METABOLIC ROLE / KINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process ...dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / negative regulation of exocytosis / negative regulation of phagocytosis / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / translational elongation / phagocytic vesicle / secretory granule / response to bacterium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Cervoni, L. / Lascu, I. / Xu, Y. / Gonin, P. / Morr, M. / Merouani, M. / Janin, J. / Giartoso, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Binding of Nucleotides to Nucleoside Diphosphate Kinase: A Calorimetric Study. 著者: Cervoni, L. / Lascu, I. / Xu, Y. / Gonin, P. / Morr, M. / Merouani, M. / Janin, J. / Giartosio, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hiy.cif.gz | 100.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hiy.ent.gz | 77.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hiy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/1hiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/1hiy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1kdnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16816.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 3'AMINO-ADP 由来: (組換発現) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P22887, nucleoside-diphosphate kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | PLAYS A MAJOR ROLE IN THE SYNTHESIS OF NUCLEOSIDE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: METHOD: HANGING DROP IN DROP: 5MG/ML PROTEIN, 50 MM TRIS HCL PH8.5, 8.5MM 3'-AMINO-ADP,15-16% PEG550, 20MM MGCL2 IN WELL: 30-32% PEG550, 50MM TRISHCL PH8.5., pH 8.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.97 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→15 Å / Num. obs: 23760 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 15 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KDN 解像度: 2.6→15 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: BACKBOND RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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