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- PDB-1hix: CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSES OF FAMILY 11 ENDO-BETA-1,4-XYLANASE XYL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hix
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC ANALYSES OF FAMILY 11 ENDO-BETA-1,4-XYLANASE XYL1 FROM STREPTOMYCES SP. S38
要素ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
キーワードHYDROLASE / XYLAN DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES SP. S38 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wouters, J. / Georis, J. / Dusart, J. / Frere, J.M. / Depiereux, E. / Charlier, P.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallographic Analysis of Family 11 Endo-[Beta]-1,4-Xylanase Xyl1 from Streptomyces Sp. S38
著者: Wouters, J. / Georis, J. / Engher, D. / Vandenhaute, J. / Dusart, J. / Frere, J.M. / Depiereux, E. / Charlier, P.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: An Additional Aromatic Interaction Improves the Thermostability and Thermophilicity of a Mesophilic Family 11 Endo-B-1,4-Xylanase: Structural Basis and Molecular Study
著者: Georis, J. / De Lemos Esteves, F. / Lamotte-Brasseur, J. / Bougnet, V. / Devreese, B. / Giannotta, F. / Granier, B. / Frere, J.M.
#2: ジャーナル: Gene / 年: 1999
タイトル: Sequence, Overproduction and Purification of the Family 11 Endo-B-1,4-Xylanase Encoded by the Xyl1 Gene of Streptomyces Sp. S38
著者: Georis, J. / Giannotta, F. / Lamotte-Brasseur, J. / Devreese, B. / Van Beeumen, J. / Granier, B. / Frere, J.-M.
履歴
登録2001年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1942
ポリマ－41,1942
非ポリマー00
水3,945219
1
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE

A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE

A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7923
ポリマ－61,7923
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
手法PQS
2
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE

B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE

B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7923
ポリマ－61,7923
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.493, 71.493, 130.298
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.44268, -0.89584, 0.03881), (-0.89578, 0.44376, 0.02556), (-0.04012, -0.02346, -0.99892)
ベクター: 32.44958, 61.62354, 66.78052)

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要素

#1: タンパク質 ENDO-1,4-BETA-XYLANASE


分子量: 20597.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES SP. S38 (バクテリア)
解説: STREPTOMYCES SP. S38 WAS ISOLATED BY BIO-ARGOS FROM FOREST SOIL (LIEGE, BELGIUM)
遺伝子: XYL1 / 発現宿主: STREPTOMYCES LIVIDANS (バクテリア) / 参照: UniProt: Q59962, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.962 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化pH: 9 / 詳細: pH 9.00
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Sunna, A., (1997) Crit. Rev. Biotechnol., 17, 39.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.94
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 22651 / % possible obs: 82.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.185 / Net I/σ(I): 5.66
反射 シェル解像度: 2→2.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / Rsym value: 0.236 / % possible all: 85
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 22088 / Num. measured all: 177572
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.96 % / Rmerge(I) obs: 0.236

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BCX

1bcx


解像度: 2→7 Å / Num. parameters: 12311 / Num. restraintsaints: 15648 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ZERO OCCUPANCY FOR LATERAL CHAIN OF RESIDUE TYR 179 IN BOTH SUBUNITS HALF OCCUPANCY FOR 14 WATER MOLECULES ALTERNATE CONFORMATIONS GIVEN FOR THE LATERAL CHAINS OF RESIDUES THR B 9, SER B 18 B 18 AND SER B 40.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3087 -5 %EVERY 10TH REFLECTION
obs0.2038 -82.5 %-
all-22088 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2854 0 0 219 3073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.057
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.355
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 16838 / σ(I): 4 / Num. reflection Rfree: 563 / Rfactor all: 0.2038 / Rfactor obs: 0.1846 / Rfactor Rfree: 0.2693 / Rfactor Rwork: 0.1846
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.355
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.031

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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