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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hi2 | ||||||
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タイトル | Eosinophil-derived Neurotoxin (EDN) - Sulphate Complex | ||||||
要素 | EOSINOPHIL-DERIVED NEUROTOXIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE / RNASE-2 / RNASE US / RIBONUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA catabolic process / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / chemotaxis / azurophil granule lumen / defense response to virus / nucleic acid binding / lyase activity ...RNA catabolic process / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / chemotaxis / azurophil granule lumen / defense response to virus / nucleic acid binding / lyase activity / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Leonidas, D.D. / Boix, E. / Prill, R. / Suzuki, M. / Turton, R. / Minson, K. / Swaminathan, G.J. / Youle, R.J. / Acharya, K.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Mapping the Ribonucleolytic Active Site of Eosinophil-Derived Neurotoxin (Edn): High Resolution Crystal Structures of Edn Complexes with Adenylic Nucleotide Inhibitors 著者: Leonidas, D.D. / Boix, E. / Prill, R. / Suzuki, M. / Turton, R. / Minson, K. / Swaminathan, G.J. / Youle, R.J. / Acharya, K.R. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: X-Ray Crystallographic Structure of Recombinant Eosinophil-Derived Neurotoxin at 1.83 A Resolution 著者: Mosimann, S.C. / Newton, D.L. / Youle, R.J. / James, M.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hi2.cif.gz | 37.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hi2.ent.gz | 29.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hi2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/1hi2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/1hi2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15611.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: BLOOD / Cell: EOSINOPHIL / 細胞内の位置: SECRETORY GRANULES / Organelle: GRANULE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P10153, EC: 3.1.27.5 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 1.5M AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 5% ETHANOL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 17303 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 25.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 28 / Rsym value: 0.065 / % possible all: 95.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 131724 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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