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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hhx | ||||||
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タイトル | Solution structure of LNA3:RNA hybrid | ||||||
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![]() | ANTISENSE / LOCKED NUCLEIC ACID / LNA / RNA / HYBRID / RNASE H | ||||||
機能・相同性 | DNA/RNA hybrid / RNA![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Petersen, M. / Bondensgaard, K. / Wengel, J. / Jacobsen, J.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Locked Nucleic Acid (Lna) Recognition of RNA: NMR Solution Structures of Lna:RNA Hybrids 著者: Petersen, M. / Bondensgaard, K. / Wengel, J. / Jacobsen, J.P. #1: ![]() タイトル: Structural Studies of Lna:RNA Duplexes by NMR: Conformations and Implications for Rnase H Activity. 著者: Bondensgaard, K. / Petersen, M. / Singh, S.K. / Rajwanshi, V.K. / Kumar, R. / Wengel, J. / Jacobsen, J.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 389.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 320.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 339.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 622.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 2814.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 2855.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
配列の詳細 | CHAIN A RESIDUES 2,5,7 ARE LOCKED NUCLEIC ACIDS OR (1R,3R,4R,7S)-7-HYDROXY-1-HYDROXYMETHYL-3- ...CHAIN A RESIDUES 2,5,7 ARE LOCKED NUCLEIC ACIDS OR (1R,3R,4R,7S)-7-HYDROXY-1-HYDROXYMET |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: NOESY |
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試料調製
詳細 | 内容: 0.7E-3M LNA1:RNA, 0.1M NACL, 5E-5M EDTA AND 1E-2M PHOSPHATE BUFFER IN 100% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: A TOTAL OF 423 NOE DISTANCE RESTRAINTS WERE OBTAINED FROM A FULL RELAXATION MATRIX ANALYSIS WITH THE PROGRAM RANDMARDI. A FURTHER 58 NOE DISTANCE RESTRAINTS WERE OBTAINED FROM NOESY IN H2O ...詳細: A TOTAL OF 423 NOE DISTANCE RESTRAINTS WERE OBTAINED FROM A FULL RELAXATION MATRIX ANALYSIS WITH THE PROGRAM RANDMARDI. A FURTHER 58 NOE DISTANCE RESTRAINTS WERE OBTAINED FROM NOESY IN H2O USING ISPA. 22 WATSON-CRICK BASE PAIRING RESTRAINTS. | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 34 |