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- PDB-1hhk: THE ANTIGENIC IDENTITY OF PEPTIDE(SLASH)MHC COMPLEXES: A COMPARIS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hhk
タイトルTHE ANTIGENIC IDENTITY OF PEPTIDE(SLASH)MHC COMPLEXES: A COMPARISON OF THE CONFORMATION OF FIVE PEPTIDES PRESENTED BY HLA-A2
要素
  • BETA 2-MICROGLOBULIN
  • CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN)
  • NONAMERIC PEPTIDE FROM HTLV-1 TAX PROTEIN (RESIDUES 11-19)
キーワードHISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding ...symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / regulation of mRNA stability / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / cellular response to lipopolysaccharide / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / host cell cytoplasm / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / innate immune response / focal adhesion
類似検索 - 分子機能
HTLV Tax / HTLV Tax / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like ...HTLV Tax / HTLV Tax / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Protein Tax-1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Madden, D.R. / Garboczi, D.N. / Wiley, D.C.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1993
タイトル: The antigenic identity of peptide-MHC complexes: a comparison of the conformations of five viral peptides presented by HLA-A2.
著者: Madden, D.R. / Garboczi, D.N. / Wiley, D.C.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Hla-A2-Peptide Complexes: Refolding and Crystallization of Molecules Expressed in Escherichia Coli and Complexed with Single Antigenic Peptides
著者: Garboczi, D.N. / Hung, D.T. / Wiley, D.C.
#2: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 1992
タイトル: Presentation of Three Different Viral Peptides, Htlv-1 Tax, Hcmv Gb, and Influenza Virus M1, is Determined by Common Structural Features of the Hla-A2.1 Molecule
著者: Utz, U. / Koenig, S. / Coligan, J.E. / Biddison, W.E.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1992
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Hla-B27 at 2.1 Angstroms Resolution Suggests a General Mechanism for Tight Peptide Binding to Mhc
著者: Madden, D.R. / Gorga, J.C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Structure of the Human Histocompatibility Antigen Hla-A2 at 2.6 Angstroms Resolution
著者: Saper, M.A. / Bjorkman, P.J. / Wiley, D.C.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Structure of the Human Class I Histocompatibility Antigen, Hla-A2
著者: Bjorkman, P.J. / Saper, M.A. / Samraoui, B. / Bennett, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: The Foreign Antigen Binding Site and T Cell Recognition Regions of Class I Histocompatibility Antigens
著者: Bjorkman, P.J. / Saper, M.A. / Samraoui, B. / Bennett, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Studies on the Histocompatibility Antigens Hla-A2 and Hla-A28 from Human Cell Membranes
著者: Bjorkman, P.J. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
履歴
登録1993年6月30日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
Remark 700SHEET SHEETS 2 AND 4 EACH HAVE ONE STRAND THAT IS BIFURCATED. THIS IS REPRESENTED BY PRESENTING THE ...SHEET SHEETS 2 AND 4 EACH HAVE ONE STRAND THAT IS BIFURCATED. THIS IS REPRESENTED BY PRESENTING THE SHEETS TWICE (DESIGNATED SHEETS SB1, SB2 AND SD1, SD2 RESPECTIVELY) WHERE THE TWO REPRESENTATIONS DIFFER IN THEIR LAST STRAND.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN)
B: BETA 2-MICROGLOBULIN
C: NONAMERIC PEPTIDE FROM HTLV-1 TAX PROTEIN (RESIDUES 11-19)
D: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN)
E: BETA 2-MICROGLOBULIN
F: NONAMERIC PEPTIDE FROM HTLV-1 TAX PROTEIN (RESIDUES 11-19)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6086
ポリマ－89,6086
非ポリマー00
水00
1
A: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN)
B: BETA 2-MICROGLOBULIN
C: NONAMERIC PEPTIDE FROM HTLV-1 TAX PROTEIN (RESIDUES 11-19)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8043
ポリマ－44,8043
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
2
D: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN)
E: BETA 2-MICROGLOBULIN
F: NONAMERIC PEPTIDE FROM HTLV-1 TAX PROTEIN (RESIDUES 11-19)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8043
ポリマ－44,8043
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.560, 63.790, 75.080
Angle α, β, γ (deg.)81.58, 75.66, 77.38
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: SIDE CHAIN ATOMS OF A 17, A 194, A 196, B 48, B 58, D 17, D 194, D 196, E 48, AND E 58 ARE DISORDERED, AND HAVE OCCUPANCIES EQUAL TO ZERO IN THIS ENTRY.
2: RESIDUES PRO A 210, PRO B 32, PRO D 210 AND PRO E 32 ARE CIS PROLINES.
3: ESCHERICHIA COLI EXPRESSED BETA-2 MICROGLOBULIN CONTAINS AN N-TERMINAL METHIONINE, IDENTIFIED HERE BY RESIDUE NUMBER 0.

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要素

#1: タンパク質 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN)


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BETA-2-MICROGLOBULIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA 2-MICROGLOBULIN


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BETA-2-MICROGLOBULIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド NONAMERIC PEPTIDE FROM HTLV-1 TAX PROTEIN (RESIDUES 11-19)


分子量: 1070.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
属: Deltaretrovirus / 生物種: Primate T-lymphotropic virus 1 / 参照: UniProt: P14079
構成要素の詳細SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS WERE MADE BY USE OF THE PROCEDURE OF W. KABSCH AND C. SANDER ...SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS WERE MADE BY USE OF THE PROCEDURE OF W. KABSCH AND C. SANDER (PROGRAM *DSSP*).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
113 %PEG60001reservoir
225 mMn-morpholinoethanesulfanolamine1reservoir
30.1 %sodium azide1reservoir

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.042

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.262 / Rfactor obs: 0.262 / 最高解像度: 2.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6322 0 0 0 6322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 25304 / Rfactor obs: 0.262
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.3 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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