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万見
- PDB-1hhf: Decaplanin second P6122-Form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hhf
タイトルDecaplanin second P6122-Form
要素DECAPLANIN
キーワードANTIBIOTIC / GLYCOPEPTIDE
機能・相同性Decaplanin / 4-epi-vancosamine / PHOSPHATE ION / :
機能・相同性情報
生物種UNCULTURED ACTINOMYCETE (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Lehmann, C. / Vertessy, L. / Sheldrick, G.M. / Dauter, Z. / Dauter, M.
引用ジャーナル: Helv.Chim.Acta / 年: 2003
タイトル: Structures of Four Crystal Forms of Decaplanin
著者: Lehmann, C. / Debreczeni, J.E. / Bunkoczi, G. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2000年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年7月11日Group: Other
改定 1.32012年11月30日Group: Other
改定 1.42013年5月1日Group: Non-polymer description
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: diffrn_source / entity_poly ...diffrn_source / entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DECAPLANIN
B: DECAPLANIN
C: DECAPLANIN
D: DECAPLANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,74418
ポリマ－4,4624
非ポリマー2,28214
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area3690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.101, 60.101, 131.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-2023-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.10148, -0.98945, 0.10336), (-0.99386, 0.09622, -0.05469), (0.04417, -0.10827, -0.99314)65.61858, 62.96038, 48.16151
2given(-0.10148, -0.98945, 0.10336), (-0.99386, 0.09622, -0.05469), (0.04417, -0.10827, -0.99314)65.61858, 62.96038, 48.16151
3given(0.83966, 0.54296, -0.01265), (-0.5386, 0.83547, 0.10907), (0.06979, -0.08477, 0.99395)8.49048, 30.28199, -12.53756

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質・ペプチド
DECAPLANIN / M86-1410


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1115.532 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURE HIL Y-86, 36910 / 由来: (天然) UNCULTURED ACTINOMYCETE (環境試料) / 株: DSM 4763 / 参照: NOR: NOR00692, Decaplanin

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糖 , 2種, 8分子

#2: 多糖
alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DECAPLANIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L, GLYCOSYLATED
参照: Decaplanin
記述子タイププログラム
LRhapa1-2DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][a-L-Rhap]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-ERE / 4-epi-vancosamine / (1R,3S,4R,5S)-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranose


タイプ: L-saccharide, alpha linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 161.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H15NO3
詳細: DECAPLANIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L, GLYCOSYLATED
参照: Decaplanin

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非ポリマー , 3種, 100分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細DECAPLANIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. HERE, DECAPLANIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE ...DECAPLANIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. HERE, DECAPLANIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND THE THREE LIGANDS (HET) BGC, ERE AND RAM. GROUP: 1 NAME: DECAPLANIN CHAIN: A, B, C, D COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 7 COMPONENT_2: SUGAR RESIDUES 8, 9 AND 10 DESCRIPTION: DECAPLANIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L, GLYCOSYLATED BY A MONOSACCHARIDE AND A DISACCHARIDE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.1 % / 解説: SAS OF CHLORINE AT 1.5A
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 0.1M TRIS/HCL, PH=8.5, 2M NH4H2PO4, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8345
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8345 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→48.39 Å / Num. obs: 24558 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 18.74
反射 シェル解像度: 1.47→1.6 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.96 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.47→48.39 Å / Num. parameters: 4895 / Num. restraintsaints: 7785 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2111 1244 5.1 %SHELLS
all0.1787 24558 --
obs0.18 -99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 348 / Occupancy sum non hydrogen: 541.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→48.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数316 0 138 94 548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.095
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.053
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.089

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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