+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hhc | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Decaplanin - space group P21, second form | ||||||||||||
![]() | DECAPLANIN | ||||||||||||
![]() | ANTIBIOTIC / GLYCOPEPTIDE | ||||||||||||
機能・相同性 | Decaplanin / CITRIC ACID / 4-epi-vancosamine / : ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Lehmann, C. / Vertessy, L. / Sheldrick, G.M. / Dauter, Z. / Dauter, M. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Four Crystal Forms of Decaplanin 著者: Lehmann, C. / Debreczeni, J.E. / Bunkoczi, G. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 33 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-
要素
#1: タンパク質・ペプチド | #2: 多糖 | alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-ERE / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | DECAPLANIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. HERE, DECAPLSNIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETGHER THE ...DECAPLANIN | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 % |
---|---|
結晶化 | pH: 7 / 詳細: 1M NA3CIT PH=7.0, PH 7.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 133 K |
---|---|
放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: SIEMENS-STOE-HUBER / 波長: 0.71073 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.71073 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.13→18.08 Å / Num. obs: 20450 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 7.14 % / Rmerge(I) obs: 0.0981 / Net I/σ(I): 12.34 |
反射 シェル | 解像度: 1.13→1.25 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 4.67 / % possible all: 88.2 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HH3 解像度: 1.13→18.08 Å / Num. parameters: 5685 / Num. restraintsaints: 1007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 623.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.13→18.08 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|