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- PDB-1hgz: Filamentous Bacteriophage PH75 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hgz
タイトルFilamentous Bacteriophage PH75
要素PH75 INOVIRUS MAJOR COAT PROTEIN
キーワードVIRUS / VIRUS COAT PROTEIN / HELICAL VIRUS COAT PROTEIN / SSDNA VIRUSES / INOVIRUS / FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE / THERMOPHILES / MEMBRANE PROTEINS / HELICAL VIRUS
機能・相同性Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #80 / Bacteriophage M13, G8P, capsid domain superfamily / helical viral capsid / host cell membrane / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / membrane / Capsid protein G8P
機能・相同性情報
生物種BACTERIOPHAGE PH75 (ファージ)
手法繊維回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pederson, D.M. / Welsh, L.C. / Marvin, D.A. / Sampson, M. / Perham, R.N. / Yu, M. / Slater, M.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The Protein Capsid of Filamentous Bacteriophage Ph75 from Thermus Thermophilus
著者: Pederson, D.M. / Welsh, L.C. / Marvin, D.A. / Sampson, M. / Perham, R.N. / Yu, M. / Slater, M.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: The Molecular Structure and Structural Transition of the Alpha-Helical Capsid in Filamentous Bacteriophage Pf1
著者: Welsh, L.C. / Symmons, M.F. / Marvin, D.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of the Capsid of Pf3 Filamentous Phage Determined from X-Ray Fibre Diffraction Data at 3.1 A Resolution
著者: Welsh, L.C. / Symmons, M.F. / Sturtevant, J.M. / Marvin, D.A. / Perham, R.N.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Pf1 Filamentous Bacteriophage: Refinement of a Molecular Model by Simulated Annealing Using 3.3 Angstroms Resolution X-Ray Fibre Diffraction Data
著者: Gonzalez, A. / Nave, C. / Marvin, D.A.
#4: ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 1990
タイトル: Model-Building Studies of Inovirus: Genetic Variations on a Geometric Theme
著者: Marvin, D.A.
履歴
登録2000年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PH75 INOVIRUS MAJOR COAT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8171
ポリマ－4,8171
非ポリマー00
水00
1
A: PH75 INOVIRUS MAJOR COAT PROTEIN
x 35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,58035
ポリマ－168,58035
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation34
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)1.000, 1.000, 1.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 35 / Rise per n subunits: 2.9 Å / Rotation per n subunits: 66.667 °)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PH75 INOVIRUS MAJOR COAT PROTEIN / PH75 BACTERIOPHAGE MAJOR COAT PROTEIN


分子量: 4816.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MAJOR COAT PROTEIN ASSEMBLY / 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE PH75 (ファージ) / 解説: GROWN IN THERMUS THERMOPHILUS / 発現宿主: THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P82889

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実験情報

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実験

実験手法: 繊維回折

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試料調製

結晶解説: THE DATA IS DERIVED FROM CONTINUOUS TRANSFORM DATA AND THEREFORE THE NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS IS A MEANINGLESS NUMBER. THE STRUCTURE WAS REFINED AGAI THE SAME STRUCTURE FACTORS AS PDB ...解説: THE DATA IS DERIVED FROM CONTINUOUS TRANSFORM DATA AND THEREFORE THE NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS IS A MEANINGLESS NUMBER. THE STRUCTURE WAS REFINED AGAI THE SAME STRUCTURE FACTORS AS PDB ENTRY 1HGV, USING DIFFERENT REFINEMENT PROTOCOL. THEREFORE, THE STRUCT FACTORS FOR 1HGZ, CAN BE TAKEN FROM R1HGVSF
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / % possible obs: 100 %
反射
*PLUS
% possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
FXPLOR精密化
CCP13(LSQINT)データ削減
CCP13-FDSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IFN

1ifn


解像度: 2.4→50 Å / σ(F): 0
詳細: THE MODEL WAS DERIVED FROM PDB ENTRY 1IFN, REFERENCE 1, BY MOLECULAR REPLACEMENT
Rfactor%反射
Rfree0.4 10 %
Rwork0.22 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数340 0 0 0 340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
FIBER DIFFRACTIONo_bond_d0.022
FIBER DIFFRACTIONo_bond_d_na
FIBER DIFFRACTIONo_bond_d_prot
FIBER DIFFRACTIONo_angle_d
FIBER DIFFRACTIONo_angle_d_na
FIBER DIFFRACTIONo_angle_d_prot
FIBER DIFFRACTIONo_angle_deg1.9
FIBER DIFFRACTIONo_angle_deg_na
FIBER DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
FIBER DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d19
FIBER DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
FIBER DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
FIBER DIFFRACTIONo_improper_angle_d
FIBER DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
FIBER DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
FIBER DIFFRACTIONo_mcbond_it
FIBER DIFFRACTIONo_mcangle_it
FIBER DIFFRACTIONo_scbond_it
FIBER DIFFRACTIONo_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: FXPLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.4
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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