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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hg3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tetrameric TIM from Pyrococcus woesei. | ||||||
要素 | TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE / THERMOSTABILITY / PYROCOCCUS / TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / TETRAMERIC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PYROCOCCUS WOESEI (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Walden, H. / Bell, G.S. / Russell, R.J.M. / Siebers, B. / Hensel, R. / Taylor, G.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Tiny Tim: A Small, Tetrameric, Hyperthermostable Triosephosphate Isomerase 著者: Walden, H. / Bell, G.S. / Russell, R.J.M. / Siebers, B. / Hensel, R. / Taylor, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hg3.cif.gz | 307.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hg3.ent.gz | 258.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hg3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/1hg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/1hg3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23723.691 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 2-CARBOXYETHYLPHOSPHONIC ACID IN THE ACTIVE SITE / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS WOESEI (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 参照: UniProt: P95583, UniProt: P62003*PLUS, triose-phosphate isomerase #2: 化合物 | ChemComp-3PP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CONVERTS D-GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE TO DIHYDROXY-ACETONE PHOSPHATE. PLAYS AN IMPORTANT ROLE IN ...CONVERTS D-GLYCERALDE | 配列の詳細 | THE C-TERMINAL 15 RESIDUES LISTED IN THE SWISS-PROT ENTRY ARE INCORRECT. THE SWISS-PROT ENTRY WILL ...THE C-TERMINAL 15 RESIDUES LISTED IN THE SWISS-PROT ENTRY ARE INCORRECT. THE SWISS-PROT ENTRY WILL BE UPDATED SOON. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % 解説: MAD DATA WERE USED TO DETERMINE THE STRUCTURE, CROSS- CRYSTAL AVERAGING AND PHASE EXTENSION USING IN-HOUSE DATA WERE USED IN REFINEMENT OF THE MODEL. | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.0 AND 7% PEG 4000 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bell, G.S., (1998) Acta crystallog., D54, 1419. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9795,0.9796,0.9537 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. obs: 25844 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.112 / % possible all: 89.7 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 386571 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: NCS RESTRAINTS WERE USED THROUGHOUT REFINEMENT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |