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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hg0 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the complex between Erwinia chrysanthemi L-asparaginase and succinic acid | ||||||
要素 | L-ASPARAGINASE | ||||||
キーワード | ASPARAGINASE / HYDROLASE / COMPLEX / D-ASPARTATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Kolyani, K.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Stuctural Basis for the Activity and Substrate Specificity of Erwinia Chrysanthemi L-Asparaginase 著者: Kolyani, K.A. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1993 タイトル: A Left-Handed Crossover Involved in Amidohydrolase Catalysis, Crystal Structure of Erwinia Chrysanthemi L-Asparaginase with Bound L-Aspartate 著者: Miller, M. / Rao, J.K.M. / Wlodawer, A. / Gribskov, M.R. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure of Escherichia Coli L-Asparaginase, an Enzyme Used in Cancer Therapy 著者: Swain, A.L. / Jaskolski, M. / Housset, D. / Rao, J.K.M. / Wlodawer, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hg0.cif.gz | 264.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hg0.ent.gz | 216.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hg0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/1hg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/1hg0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | BIOLOGICAL_UNIT: HOMOTETRAMER |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35123.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: THE NEW NAME OF ERWINIA CHRYSANTHEMI IS PECTOBACTERIUM CHRYSANTHEMI 由来: (天然) ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア) / 株: NCPPB 1125 / 参照: UniProt: P06608, asparaginase #2: 化合物 | ChemComp-SIN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.97 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.4 詳細: 40%(W/V) AMMONIUM SULFATE, 2%(V/V) PEG400, 0.1M TRIS (PH 8.5), CROSSLINKING WITH 0.1% GLUTARALDEHYDE, TRANSFER TO AMMONIUM SULFATE-FREE, 30% PEG4000, CHANGE OF THE BUFFER TO 0.1M SODIUM ACETATE | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Miller, M., (1993) FEBS Lett., 328, 275. / PH range low: 9 / PH range high: 8 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5478 / 波長: 1.5478 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5478 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 91478 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.384 / % possible all: 75.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 228741 / Rmerge(I) obs: 0.109 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.8 % / Rmerge(I) obs: 0.384 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PREVIUOSLY PUBLISHED STRUCTURE OF ERWINIA CHRYSANTHEMI L-ASPARAGINSE (MILLER ET AL., FEBS LETT., 1993 解像度: 1.9→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 100000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: PARAMETERS AND TOPOLOGY FOR SUCCINATE WAS TAKEN AS FOR STANDARD L-ASPARTATE, HOWEVER, THE- ALPHA-AMINO GROUP WAS SUBSTITUTED BY H ATOM
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: DENSITY MODIFICATION / Bsol: 81.58 Å2 / ksol: 0.419 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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