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万見
- PDB-1hds: MACROMOLECULAR STRUCTURE REFINEMENT BY RESTRAINED LEAST-SQUARES A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hds
タイトルMACROMOLECULAR STRUCTURE REFINEMENT BY RESTRAINED LEAST-SQUARES AND INTERACTIVE GRAPHICS AS APPLIED TO SICKLING DEER TYPE III HEMOGLOBIN
要素
  • HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
  • HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle ...haptoglobin binding / organic acid binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha-1/2 / Hemoglobin subunit beta-3
類似検索 - 構成要素
生物種Odocoileus virginianus (オジロジカ)
手法X線回折 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Amma, E.L. / Girling, R.L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1980
タイトル: Macromolecular Structure Refinement by Restrained Least-Squares and Interactive Graphics as Applied to Sickling Deer Type III Hemoglobin
著者: Girling, R.L. / Houston, T.E. / Schmidtjunior, W.C. / Amma, E.L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Molecular packing and intermolecular contacts of sickling deer type III hemoglobin.
著者: Girling, R.L. / Schmidt Jr., W.C. / Houston, T.E. / Amma, E.L. / Huisman, T.H.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1977
タイトル: Application of a Restrained Least-Squares Refinement Procedure to Sickling Deer Hemoglobin
著者: Schmidtjunior, W.C. / Girling, R.L. / Amma, E.L.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1977
タイトル: The Structure of Sickling Deer Type III Hemoglobin by Molecular Replacement
著者: Schmidtjunior, W.C. / Girling, R.L. / Houston, T.E. / Sproul, G.D. / Amma, E.L. / Huisman, T.H.J.
#4: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure,Supplement 3
年: 1978
著者: Dayhoff, M.O.
履歴
登録1979年10月1日処理サイト: BNL
改定 1.01979年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年6月24日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / citation_editor / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
B: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)
C: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
D: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4598
ポリマ－61,9934
非ポリマー2,4664
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)163.500, 70.830, 65.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: THE CHIRALITY OF THIS RESIDUE APPEARS TO BE IN ERROR AND WILL BE CORRECTED IN SUBSEQUENT REFINEMENT CYCLES.

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)


分子量: 15215.339 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Odocoileus virginianus (オジロジカ)
参照: UniProt: P01972
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)


分子量: 15781.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Odocoileus virginianus (オジロジカ)
参照: UniProt: P02074
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.3 / 手法: microdialysis
詳細: Schmidtjunior, W.C., (1977) Acta Crystallogr.,Sect.B, 33, 335.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.6 Mphosphate11
30.25-0.45 Mammonium sulfate12
42.85 Mmonobasic sodium12
52.90 Mdibasic potassium phosphates12
2Hb(DIII)113.0g%

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 1.98 Å
詳細: TO DERIVE THE COORDINATES BASED ON THE ORTHOGONAL ANGSTROM SYSTEM STANDARD FOR HEMOGLOBINS THE FOLLOWING TRANSFORMATION MUST BE APPLIED TO THE COORDINATES GIVEN BELOW. FIRST, FORM THE ...詳細: TO DERIVE THE COORDINATES BASED ON THE ORTHOGONAL ANGSTROM SYSTEM STANDARD FOR HEMOGLOBINS THE FOLLOWING TRANSFORMATION MUST BE APPLIED TO THE COORDINATES GIVEN BELOW. FIRST, FORM THE TRANSLATED VECTOR FROM X, Y, Z BY XT = X - 26.3830 YT = Y - .2020 ZT = Z - 11.3585 THEN APPLY THE FOLLOWING MATRIX TO THE VECTOR XT, YT, ZT. .4216 .3898 .8187 -.7645 -.3414 .5433 .5150 -.8387 .1771 IN THIS TRANSFORMED SYSTEM THE Y AXIS IS THE MOLECULAR DIAD RELATING ALPHA-1 TO ALPHA-2 AND THE X AXIS IS THE PSEUDO DIAD WHICH RELATES ALPHA-1 TO BETA-1.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 172 0 4556

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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