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- PDB-1hde: HALOALKANE DEHALOGENASE MUTANT WITH PHE 172 REPLACED WITH TRP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hde
タイトルHALOALKANE DEHALOGENASE MUTANT WITH PHE 172 REPLACED WITH TRP
要素HALOALKANE DEHALOGENASE
キーワードDEHALOGENASE / HYDROLASE / DETOXIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


1,2-dichloroethane catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 1 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ridder, I.S. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Kinetic characterization and X-ray structure of a mutant of haloalkane dehalogenase with higher catalytic activity and modified substrate range.
著者: Schanstra, J.P. / Ridder, I.S. / Heimeriks, G.J. / Rink, R. / Poelarends, G.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined X-Ray Structures of Haloalkane Dehalogenase at Ph 6.2 And Ph 8.2 And Implications for the Reaction Mechanism
著者: Verschueren, K.H. / Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Crystallographic Analysis of the Catalytic Mechanism of Haloalkane Dehalogenase
著者: Verschueren, K.H. / Seljee, F. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Haloalkane Dehalogenase: An Enzyme to Detoxify Halogenated Alkanes
著者: Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystallization of Haloalkane Dehalogenase from Xanthobacter Autotrophicus Gj10
著者: Rozeboom, H.J. / Kingma, J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録1996年8月8日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HALOALKANE DEHALOGENASE
B: HALOALKANE DEHALOGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4302
ポリマ－70,4302
非ポリマー00
水00
1
A: HALOALKANE DEHALOGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2151
ポリマ－35,2151
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HALOALKANE DEHALOGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2151
ポリマ－35,2151
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.680, 73.530, 41.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.997561, -0.056672, 0.040741), (-0.056932, -0.998364, 0.005252), (0.040376, -0.007558, -0.999156)
ベクター: -48.531, 12.078, 39.561)

-
要素

#1: タンパク質 HALOALKANE DEHALOGENASE


分子量: 35214.832 Da / 分子数: 2 / 変異: F172W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
株: GJ10 / 細胞株: BL21 / プラスミド: PGELAF+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P22643, haloalkane dehalogenase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 5.8 / 詳細: pH 5.8
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
152-56 %(w/v)satammonium sulfate1reservoir
2100 mMMES1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年5月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 15796 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.101
反射
*PLUS
最高解像度: 2.67 Å / 最低解像度: 35 Å / Num. measured all: 43099
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.67 Å / 最低解像度: 2.77 Å / % possible obs: 83.1 % / Rmerge(I) obs: 0.312

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MADNESデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.7→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.258 -
Rwork0.205 -
obs0.205 14413
原子変位パラメータBiso mean: 13.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4964 0 0 0 4964
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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