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- PDB-1hcy: CRYSTAL STRUCTURE OF HEXAMERIC HAEMOCYANIN FROM PANULIRUS INTERRU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hcy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HEXAMERIC HAEMOCYANIN FROM PANULIRUS INTERRUPTUS REFINED AT 3.2 ANGSTROMS RESOLUTION
要素ARTHROPODAN HEMOCYANIN
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemocyanin, C-terminal domain / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin, copper containing domain ...Hemocyanin, C-terminal domain / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain / Hemocyanin/hexamerin / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Hemocyanin A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Panulirus interruptus (甲殻類)
手法X線回折 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Volbeda, A. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal structure of hexameric haemocyanin from Panulirus interruptus refined at 3.2 A resolution.
著者: Volbeda, A. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1989
タイトル: Spectroscopic Investigations of Panulirus Interruptus Hemocyanin in the Crystalline State
著者: Volbeda, A. / Feiters, M.C. / Vincent, M.G. / Bouwman, E. / Dobson, B. / Kalk, K.H. / Reedijk, J. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Pseudo 2-Fold Symmetry in the Copper-Binding Domain of Arthropodan Haemocyanins. Possible Implications for the Evolution of Oxygen Transport Proteins
著者: Volbeda, A. / Hol, W.G.J.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1988
タイトル: Panulirus Interruptus Hemocyanin. The Amino Acid Sequence of Subunit B and Anomalous Behavior of Subunits a and B on Polyacrylamide Gel Electrophoresis in the Presence of /Sds
著者: Jekel, P.A. / Bak, H.J. / Soeter, N.M. / Vereijken, J.M. / Beintema, J.J.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1987
タイトル: Panulirus Interruptus Hemocyanin. The Elucidation of the Complete Amino Acid Sequence of Subunit A
著者: Bak, H.J. / Beintema, J.J.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Structure Determination of Panulirus Interruptus Haemocyanin at 3.2 Angstroms Resolution. Successful Phase Extension by Sixfold Density Averaging
著者: Gaykema, W.P.J. / Volbeda, A. / Hol, W.G.J.
#6: ジャーナル: Science / 年: 1985
タイトル: The Structure of Arthropod Hemocyanins
著者: Linzen, B. / Soeter, N.M. / Riggs, A.F. / Schneider, H.-J. / Schartau, W. / Moore, M.D. / Yokota, E. / Behrens, P.Q. / Nakashima, H. / Takagi, T. / Nemoto, T. / Vereijken, J.M. / Bak, H.J. / ...著者: Linzen, B. / Soeter, N.M. / Riggs, A.F. / Schneider, H.-J. / Schartau, W. / Moore, M.D. / Yokota, E. / Behrens, P.Q. / Nakashima, H. / Takagi, T. / Nemoto, T. / Vereijken, J.M. / Bak, H.J. / Beintema, J.J. / Volbeda, A. / Gaykema, W.P.J. / Hol, W.G.J.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1984
タイトル: 3.2 Angstroms Structure of the Copper-Containing, Oxygen-Carrying Protein Panulirus Interruptus Haemocyanin
著者: Gaykema, W.P.J. / Hol, W.G.J. / Vereijken, J.M. / Soeter, N.M. / Bak, H.J. / Beintema, J.J.
履歴
登録1991年5月15日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / software / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARTHROPODAN HEMOCYANIN
B: ARTHROPODAN HEMOCYANIN
C: ARTHROPODAN HEMOCYANIN
D: ARTHROPODAN HEMOCYANIN
E: ARTHROPODAN HEMOCYANIN
F: ARTHROPODAN HEMOCYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)456,85114
ポリマ－454,1776
非ポリマー2,6738
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.800, 193.100, 122.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 625 IS A CIS PROLINE.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.994209, 0.092695, -0.05437), (0.092143, -0.995666, -0.012588), (-0.055301, 0.007505, -0.998442)1.39, 69.422, 165.741
2given(-0.509313, 0.029293, 0.860083), (-0.15271, 0.980483, -0.123823), (-0.846924, -0.194409, -0.494899)-72.001, 11.226, 131.92
3given(-0.476348, 0.140372, 0.867979), (0.108572, -0.970228, 0.216493), (0.872527, 0.197365, 0.446926)-76.683, 49.285, 38.174
4given(-0.493216, -0.156058, -0.855794), (0.011068, 0.982572, -0.185555), (0.869836, -0.100991, -0.482893)77.59, 15.888, 125.9
5given(-0.531383, -0.059496, -0.84504), (-0.06419, -0.991835, 0.110195), (-0.844696, 0.112799, 0.523225)73.594, 59.173, 36.637
詳細THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW CAN BE USED TO GENERATE THE COMPLETE HEXAMER.

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要素

#1: タンパク質
ARTHROPODAN HEMOCYANIN


分子量: 75696.203 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Panulirus interruptus (甲殻類) / 参照: UniProt: P04254
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細PANULIRUS INTERRUPTUS HAEMOCYANIN HEXAMERS CONTAIN THREE DIFFERENT, THOUGH HOMOLOGOUS, SUBUNIT ...PANULIRUS INTERRUPTUS HAEMOCYANIN HEXAMERS CONTAIN THREE DIFFERENT, THOUGH HOMOLOGOUS, SUBUNIT TYPES. THE CRYSTALS USED FOR THE STRUCTURE DETERMINATION CONTAINED ABOUT EQUAL QUANTITIES OF SUBUNIT TYPES A AND B, WHICH DIFFER AT 18 POSITIONS. IN GENERAL THE SEQUENCE OF SUBUNIT TYPE A WAS FITTED TO THE DENSITY, EXCEPT FOR POSITIONS: 32, 163, 458 AND 514 WHERE THE SUBUNIT B SEQUENCE WAS USED.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: microdialysis / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 99.619-629 / PH range low: 4.2 / PH range high: 4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 %hemocyanin11
20.05 Msodium acetate12

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
CORELS精密化
PROLSQ精密化
精密化解像度: 3.2→8 Å
詳細: RESIDUES 1 - 4, 171 - 174, 551 - 552, 658 - 659 (THE TWO N-ACETYL GLUCOSAMINES) AND 34 WATER MOLECULES WITH TEMPERATURE FACTORS ABOVE 50 SHOULD BE CONSIDERED UNRELIABLE. IF THESE RESIDUES AND ...詳細: RESIDUES 1 - 4, 171 - 174, 551 - 552, 658 - 659 (THE TWO N-ACETYL GLUCOSAMINES) AND 34 WATER MOLECULES WITH TEMPERATURE FACTORS ABOVE 50 SHOULD BE CONSIDERED UNRELIABLE. IF THESE RESIDUES AND WATERS ARE EXCLUDED FROM THE REFINEMENT, THE R-FACTOR BECOMES 0.224. THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT BY FIRST MAINTAINING PERFECT 32 SYMMETRY, FOLLOWED BY RIGID BODY REFINEMENT OF THE 6 SUB UNITS, RESULTING IN A HEXAMER OF IDENTICAL SUB UNITS, BUT WITH SIGNIFICANT DEVIATIONS FROM 32 SYMMETRY (PROTEIN DATA BANK ENTRY 1HCY). SUBSEQUENT REFINEMENT RELAXING THE LOCAL SYMMETRY CONSTRAINTS RESULTED IN SIX NON-IDENTICAL MODELS (PROTEIN DATA BANK ENTRIES 1HC1 - 1HC6). NOTE THAT THE FOLLOWING DISTANCES ARE UNUSUALLY LARGE: C7 NAG 658 - C8 NAG 658 2.884 ANGSTROMS C7 NAG 659 - C8 NAG 659 3.140 ANGSTROMS
Rfactor反射数
obs0.221 59193
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31434 0 170 186 31790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 59193 / Rfactor obs: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0450.094
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0550.101
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.028
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.20.29
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.51.9
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it23.1
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it33.33
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it45.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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