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万見
- PDB-1haj: A beta-Hairpin Structure in a 13-mer Peptide that Binds a-Bungaro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1haj
タイトルA beta-Hairpin Structure in a 13-mer Peptide that Binds a-Bungarotoxin with High Affinity and Neutralizes its Toxicity
要素
  • ALPHA-BUNGAROTOXIN
  • PEPTIDE
キーワードTOXIN/PEPTIDE / COMPLEX (TOXIN-PEPTIDE) / ACETYLCHOLINE RECEPTOR MIMITOPE / ALPHA-BUNGAROTOXIN / PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX / TOXIN / BETA-HAIRPIN / TOXIN-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin/toxin-like / Snake toxin and toxin-like protein / Snake three-finger toxin / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily ...Snake toxin/toxin-like / Snake toxin and toxin-like protein / Snake three-finger toxin / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-bungarotoxin / Alpha-bungarotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種BUNGARUS MULTICINCTUS (タイワンアマガサ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING
データ登録者Scherf, T. / Kasher, R. / Balass, M. / Fridkin, M. / Fuchs, S. / Katchalski-Katzir, E.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: A Beta-Hairpin Structure in a 13-mer Peptide that Binds Alpha-Bungarotoxin with High Affinity and Neutralizes its Toxicity
著者: Scherf, T. / Kasher, R. / Balass, M. / Fridkin, M. / Fuchs, S. / Katchalski-Katzir, E.
#1: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2001
タイトル: Design and Synthesis of Peptides that Bind A-Bungarotoxin with High Affinity
著者: Kasher, R. / Balass, M. / Scherf, T. / Fridkin, M. / Fuchs, S. / Katchalski-Katzir, E.
履歴
登録2001年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_software.name
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: KABSCH AND SANDER ALGORITHM STRAND: S1A 1; STRANDS S2D & S2E FORM B- ... SHEET DETERMINATION METHOD: KABSCH AND SANDER ALGORITHM STRAND: S1A 1; STRANDS S2D & S2E FORM B-HAIRPIN WITHIN THE BOUND PEPTIDE, THAT COMBINES TO S2A-S2C TO FORM 5-STRANDED INTERMOLECULAR BETA-SHEET.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-BUNGAROTOXIN
B: PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7112
ポリマ－9,7112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area5530 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / -NO RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-BUNGAROTOXIN / LONG NEUROTOXIN 1 / BGTX / ALPHA-BTX / A-BTX


分子量: 8005.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ALPHA-NEUROTOXIN
由来: (天然) BUNGARUS MULTICINCTUS (タイワンアマガサ)
Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P01378, UniProt: P60615*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド PEPTIDE / HIGH AFFINITY PEPTIDE


分子量: 1705.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MIMOTOPE OF THE NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
構成要素の詳細THE PEPTIDE BINDS ALPHA-BUNGAROTOXIN AND THUS INHIBITS THE BINDING OF THE TOXIN TO THE NICOTINIC ...THE PEPTIDE BINDS ALPHA-BUNGAROTOXIN AND THUS INHIBITS THE BINDING OF THE TOXIN TO THE NICOTINIC RECEPTORS. THE OBSERVED QUATERNARY STATE IS MONOMERIC IN SOLUTION WHILE IN THE CRYSTAL STRUCTURES IT IS OBSERVED TO BE DIMERIC
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121HOHAHA
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURES WERE DETERMINED USING STANDARD 2D 1H-NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

詳細内容: 1MM COMPLEX IN 90% WATER,10% D2O
試料状態pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS0.9BRUNGER, ADAMS, CLORE, DELANO, GROS ET AL精密化
XwinNMR構造決定
AURELIA構造決定
CNS構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: RMS DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES: BOND LENGTH (A) 0.0033,ANGLES (DEG) 0.52 IMPROPERS (DEG) 0.45
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO RESTRAINT VIOLATION
登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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