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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h9x | ||||||
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タイトル | Cytochrome cd1 Nitrite Reductase, reduced form | ||||||
要素 | CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ENZYME / NITRITE REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Sjogren, T. / Hajdu, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: The Structure of an Alternative Form of Paracoccus Pantotrophus Cytochrome Cd1 Nitrite Reductase 著者: Sjogren, T. / Hajdu, J. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1997 タイトル: Haem Ligand-Switching During Catalysis in Crystals of a Nitrogen Cycle Enzyme 著者: Williams, P.A. / Fulop, V. / Garman, E.F. / Saunders, N.F.W. / Ferguson, S.J. / Hajdu, J. #2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995 タイトル: The Anatomy of a Bifunctional Enzyme: Structural Basis for Reduction of Oxygen to Water and Synthesis of Nitric Oxide by Cytochrome Cd1 著者: Fulop, V. / Moir, J.W.B. / Saunders, N.F.W. / Ferguson, S.J. / Hajdu, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h9x.cif.gz | 236.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h9x.ent.gz | 187.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h9x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1h9x_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1h9x_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1h9x_validation.xml.gz | 47.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1h9x_validation.cif.gz | 68.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/1h9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/1h9x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 62546.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ORGANISM FORMERLY KNOWN AS THIOSPHAERA PANTOTROPHA / 由来: (天然) PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 参照: UniProt: Q9FCQ0, UniProt: P72181*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 643分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NHE / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: HANGING DROP USING 2.1 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM CHES PH 7.0 1 MM ASCORMBATE AND 2.5 UM PMS FROM REDUCTION OF PROTEIN WAS ALSO PRESENT IN CRYSTALLISATION. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.0252 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0252 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 126324 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.224 / % possible all: 99.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AOF, D1 DOMAIN DIMER 解像度: 2.1→30 Å / SU B: 3.53 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.141 詳細: IN SUBUNIT A RESIDUES A 1 - A 41 ARE DISORDERED STRUCTURE AND WERE NOT MODELLED. IN SUBUNIT B RESIDUES B 1 - B 38 ARE DISORDERED STRUCTURE AND WERE NOT MODELLED.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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