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- PDB-1hj3: Cytochrome cd1 Nitrite Reductase, dioxygen complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hj3
タイトルCytochrome cd1 Nitrite Reductase, dioxygen complex
要素Nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ENZYME / NITRITE REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase / Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. ...C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase / Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME D / HEME C / OXYGEN MOLECULE / Nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus pantotrophus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sjogren, T. / Hajdu, J.
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2001
タイトル: Structure of the bound dioxygen species in the cytochrome oxidase reaction of cytochrome cd1 nitrite reductase.
著者: Sjogren, T. / Hajdu, J.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Haem Ligand-Switching During Catalysis in Crystals of a Nitrogen Cycle Enzyme
著者: Williams, P.A. / Fulop, V. / Garman, E.F. / Saunders, N.F.W. / Ferguson, S.J. / Hajdu, J.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: The Anatomy of a Bifunctional Enzyme: Structural Basis for Reduction of Oxygen to Water and Synthesis of Nitric Oxide by Cytochrome Cd1
著者: Fulop, V. / Moir, J.W.B. / Saunders, N.F.W. / Ferguson, S.J. / Hajdu, J.
履歴
登録2001年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrite reductase
B: Nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,25912
ポリマ－125,0932
非ポリマー3,16610
水14,322795
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)107.190, 61.170, 100.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nitrite reductase / Cytochrome cd1 / Cytochrome oxidase / Hydroxylamine reductase


分子量: 62546.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ORGANISM FORMERLY KNOWN AS THIOSPHAERA PANTOTROPHA / 由来: (天然) Paracoccus pantotrophus (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASM
参照: UniProt: P72181, nitrite reductase (NO-forming), hydroxylamine reductase

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非ポリマー , 6種, 805分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DHE / HEME D


分子量: 712.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O10
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 11

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 2.3 M AMMONIUM SULFATE 50MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.0 CRYSTALS WERE REDUCED USING 20MM SODIUM DITHIONITE. THE CRYSTAL WAS TRANSFERRED TO A SOLUTION CONTAINING 2.3 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM ...詳細: 2.3 M AMMONIUM SULFATE 50MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.0 CRYSTALS WERE REDUCED USING 20MM SODIUM DITHIONITE. THE CRYSTAL WAS TRANSFERRED TO A SOLUTION CONTAINING 2.3 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM PHOSPAHTE BUFFER PH 7 AND 15 % GLYCEROL. O2 WAS INTRODUCED UNDER 15 ATM PRESSURE FOR 2 MINUTES AT -20 DEGREES. THE DATA SET IS COMPOSED 10 DEGREE WEDGES OF DATA FROM 11 IDENTICAL CRYSTALS.
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Fulop, V., (1993) J. Mol. Biol., 232, 1211.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
21.1-1.15 Mammonium sulfate1drop
325 mMpotassium phosphate1drop
42.2-2.3 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 135637 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 17.714 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.175 / % possible all: 85.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AOF

1aof


解像度: 1.6→30 Å / SU B: 1.737 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.094
詳細: IN MONOMER A RESIDUES A 1 - A 16 AND A 108- A 114 ARE DISORDERED IN THE STRUCTURE AND WERE NOT MODELLED. IN MONOMER B THE N-TERMINAL RESIDUES B 1 - B 26 ARE DISORDERED IN THE STRUCTURE AND ...詳細: IN MONOMER A RESIDUES A 1 - A 16 AND A 108- A 114 ARE DISORDERED IN THE STRUCTURE AND WERE NOT MODELLED. IN MONOMER B THE N-TERMINAL RESIDUES B 1 - B 26 ARE DISORDERED IN THE STRUCTURE AND WERE NOT MODELLED. THE DIOXYGEN SPECIES FORMED BY INCUBATING THE REDUCED CRYSTAL WITH OXYGEN WAS REDUCED UPON EXPOSURE TO X-RAYS AS JUDGED BY MICROSPECTROSCOPY AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. IN ORDER TO CAPTURE THIS STRUCTURE DATA FROM 11 DIFFERENT CRYSTALS WERE USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 -5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs-135637 85.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8445 0 213 795 9453
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0180.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0240.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1270.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1790.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2410.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1490.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.57
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor11.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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