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万見
- PDB-1h9u: The structure of the human retinoid-X-receptor beta ligand bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h9u
タイトルThe structure of the human retinoid-X-receptor beta ligand binding domain in complex with the specific synthetic agonist LG100268
要素RETINOID X RECEPTOR, BETA
キーワードNUCLEAR RECEPTOR / RXR / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by Retinoic Acid / nuclear steroid receptor activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / retinoic acid receptor signaling pathway ...retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by Retinoic Acid / nuclear steroid receptor activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / response to retinoic acid / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / hormone-mediated signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...: / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LG2 / NICKEL (II) ION / Retinoic acid receptor RXR-beta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Schwabe, J.W.R. / Love, J.D. / Gooch, J.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The Structural Basis for the Specificity of Retinoid-X Receptor-Selective Agonists: New Insights Into the Role of Helix H12
著者: Love, J.D. / Gooch, J.T. / Benko, S. / Li, C. / Nagy, L. / Chatterjee, V.K.K. / Evans, R.M. / Schwabe, J.W.R.
履歴
登録2001年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINOID X RECEPTOR, BETA
B: RETINOID X RECEPTOR, BETA
C: RETINOID X RECEPTOR, BETA
D: RETINOID X RECEPTOR, BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,13014
ポリマ－99,3714
非ポリマー1,76010
水724
1
A: RETINOID X RECEPTOR, BETA
B: RETINOID X RECEPTOR, BETA
C: RETINOID X RECEPTOR, BETA
D: RETINOID X RECEPTOR, BETA
ヘテロ分子

A: RETINOID X RECEPTOR, BETA
B: RETINOID X RECEPTOR, BETA
C: RETINOID X RECEPTOR, BETA
D: RETINOID X RECEPTOR, BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,26028
ポリマ－198,7418
非ポリマー3,51920
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_658-x+1,y,-z+31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.886, 106.882, 100.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細CRYSTAL. THE RETINOID X RECEPTOR IS ACTIVE AS DIMERIC

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要素

#1: タンパク質
RETINOID X RECEPTOR, BETA / RXRB


分子量: 24842.645 Da / 分子数: 4 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN RESIDUES 299-522 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28702
#2: 化合物
ChemComp-LG2 / 6-[1-(3,5,5,8,8-PENTAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALEN-2-YL)CYCLOPROPYL]PYRIDINE-3-CARBOXYLIC ACID / LG-100268


分子量: 363.493 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29NO2
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BINDS TO 9-CIS RETINOIC ACID (9C-RA). INVOLVED IN RETINOIC ACID RESPONSE PATHWAY. THE C-TERMINAL ...BINDS TO 9-CIS RETINOIC ACID (9C-RA). INVOLVED IN RETINOIC ACID RESPONSE PATHWAY. THE C-TERMINAL DOMAIN IS INVOLVED IN STEROID-BINDING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.45 %
結晶化pH: 7.6 / 詳細: pH 7.60
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMTris-HCl1droppH8.0
250 mM1dropNaCl
31.0 mMdithiothreitol1drop
40.125 %(v/v)Triton X-1001drop
57.4 mg/mlprotein1drop
61.4 Mammonium formate1reservoirpH7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: QUANTUM / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38 Å / Num. obs: 29713 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 55.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 5.1
反射
*PLUS
最低解像度: 38 Å / % possible obs: 97.8 % / Num. measured all: 87647
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LBD

1lbd
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.7→38.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2064073.76 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 2929 9.9 %RANDOM
Rwork0.273 ---
obs0.273 29621 97.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.2394 Å2 / ksol: 0.35528 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.68 Å20 Å219.66 Å2
2---13.83 Å20 Å2
3---11.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.43 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6220 0 114 4 6338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.672.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 483 9.8 %
Rwork0.354 4461 -
obs--98 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMLG2.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4LG2.PAR
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.277 / Rfactor Rfree: 0.301 / Rfactor Rwork: 0.277
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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