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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h96 | ||||||
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タイトル | recombinant mouse L-chain ferritin | ||||||
要素 | FERRITIN LIGHT CHAIN 1 | ||||||
キーワード | IRON STORAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / autolysosome / intracellular sequestering of iron ion / endocytic vesicle lumen / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Granier, T. / Gallois, B. / D'Estaintot, B.L. / Dautant, A. / Chevalier, J.M. / Mellado, J.M. / Beaumont, C. / Santambrogio, P. / Arosio, P. / Precigoux, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Structure of Mouse L-Chain Ferritin at 1.6 A Resolution 著者: Granier, T. / Gallois, B. / D'Estaintot, B.L. / Dautant, A. / Chevalier, J.M. / Mellado, J.M. / Beaumont, C. / Santambrogio, P. / Arosio, P. / Precigoux, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h96.cif.gz | 59 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h96.ent.gz | 42.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h96.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/1h96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/1h96 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1datS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20670.164 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) 解説: FOR DETAILS SEE BEAUMONT, C., DUGAST, I., RENAUDIE, F., SOUROUJON, M., GRANDCHAMP, B. J. BIOL. CHEM., 1989, VOL. 264, 13, PP 7498-7504 器官: LIVER / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / 参照: UniProt: P29391 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CHAIN A ENGINEERED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION: DROPS MADE UP OF 3MICROL OF PROTEIN (3.5 MG/ML) IN 20 MM TRIS PH 7.4 AND 3 MICROL OF PRECIPITANT SOLUTION COMPOSED OF 0.92 M AMMONIUM SULFATE, 0.4% CDSO4 AND 3 MM NAN3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: NONIUS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月15日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 32400 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 11.83 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 83.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 32292 / Num. measured all: 158991 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.8 % / Num. unique obs: 2042 / Num. measured obs: 8894 / Rmerge(I) obs: 0.38 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DAT 解像度: 1.6→14 Å / SU B: 1.2 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.075 詳細: THE C-TERMINAL RESIDUE WAS NOT SEEN IN THE DENSITY MAP
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→14 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 19 Å / Rfactor obs: 0.16 / Rfactor Rfree: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.64 Å / Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor obs: 0.22 |