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万見
- PDB-1h95: Solution structure of the single-stranded DNA-binding Cold Shock ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h95
タイトルSolution structure of the single-stranded DNA-binding Cold Shock Domain (CSD) of human Y-box protein 1 (YB1) determined by NMR (10 lowest energy structures)
要素Y-BOX BINDING PROTEIN
キーワードTRANSLATION FACTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / OB-FOLD / 5-STRANDED ANTI-PARALLEL BETA-BARREL / SINGLE STRANDED DNA BINDING / COLD SHOCK / Y-BOX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA transport / CRD-mediated mRNA stability complex / C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / miRNA transport / negative regulation of striated muscle cell differentiation / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Noncanonical activation of NOTCH3 / RNA transport / CRD-mediated mRNA stabilization / protein localization to cytoplasmic stress granule ...tRNA transport / CRD-mediated mRNA stability complex / C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / miRNA transport / negative regulation of striated muscle cell differentiation / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Noncanonical activation of NOTCH3 / RNA transport / CRD-mediated mRNA stabilization / protein localization to cytoplasmic stress granule / histone pre-mRNA 3'end processing complex / embryonic morphogenesis / U12-type spliceosomal complex / positive regulation of cytoplasmic translation / mRNA stabilization / cellular response to interleukin-7 / miRNA binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of cell division / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / epidermis development / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / P-body / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / Interferon gamma signaling / sequence-specific double-stranded DNA binding / GTPase binding / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / regulation of gene expression / in utero embryonic development / nucleic acid binding / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / chromatin binding / synapse / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...: / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Y-box-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED MD
データ登録者Kloks, C.P.A.M. / Spronk, C.A.E.M. / Hoffmann, A. / Vuister, G.W. / Grzesiek, S. / Hilbers, C.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The Solution Structure and DNA-Binding Properties of the Cold-Shock Domain of the Human Y-Box Protein Yb-1.
著者: Kloks, C.P.A.M. / Spronk, C.A.E.M. / Lasonder, E. / Hoffmann, A. / Vuister, G.W. / Grzesiek, S. / Hilbers, C.W.
履歴
登録2001年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Y-BOX BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7551
ポリマ－8,7551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 Y-BOX BINDING PROTEIN / CSD


分子量: 8754.899 Da / 分子数: 1 / 断片: COLD SHOCK DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SINGLE STRANDED DNA BINDING COLD SHOCK DOMAIN(CSD) OF HUMAN Y-BOX PROTEIN 1 (YB-1)
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P67809*PLUS
配列の詳細THE SEQUENCE IS MATCHES TO SWISS PROT ENTRY Q90376 (RESIDUES 15-92) WHICH REPRESENTS Y-BOX BINDING ...THE SEQUENCE IS MATCHES TO SWISS PROT ENTRY Q90376 (RESIDUES 15-92) WHICH REPRESENTS Y-BOX BINDING PROTEIN FROM COLUMBA LIVIA (DOMESTIC PIGEON). N-TERMINAL METHIONINE ADDED IN PDB-SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-EDITED NOESY
12115N-EDITED ROESY
13113C-EDITED NOESY
141HNHA
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 15N AND 15N/13C LABELLED COLD SHOCK DOMAIN OF HUMAN YB-1

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試料調製

試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker DRXBrukerDRX7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLORX-PLORNILGES精密化
NMRPipe構造決定
PIPP構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED MD / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RESTRAINED MD
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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